方从哲低头想了半晌，才抬头问道：“按照陛下的想法，那就是军屯只做种地用？”
“对，”朱由校点点头，“指挥使负责组织屯田，巡抚负责收税，收税之后的所得，都归屯田兵卒所有。等时间长了，那些军卒能立住脚了，便免去他们的军籍，改设州县。”
方从哲沉吟不语，孙如游却插话道：“陛下，而是如此，内地的卫所必定不满。”
按照明朝的制度，内地的卫所都担负着屯田任务。即便是所屯军田被士绅、军将侵占，那些士兵也不能免除军籍，日子过得极其悲惨。这在以往并无不妥，可如果让奴儿干的军户可以转为民户，必定会让内地军户产生比较之心，引起混乱。
朱由校想了想，解释道：“奴儿干和内地相隔甚远，想必不会影响太大。至于辽东，改为行省后，军户制度也会发生改变，也不会受多大影响……”
方从哲又奏道：“陛下既有圣断，臣自当奉命。只是奴儿干的官佐，还需陛下体谅一二。”
朱由校会意，想了想，作出了决定，“奴儿干地区，以巡抚为首，处理军政事务。巡抚任期为五年，五年后可直接入阁。至于奴儿干都指挥使，则是负责屯田，也以五年为期限。期满后可调回内地，官升一级。
此外，其他官佐，在任期满十年之后，也可提升一级，回内地安置。”
见皇上如此安排，方从哲和孙如游都觉得比较满意，便放过此节。和皇帝又闲谈几句，便告辞离去。
方、孙两人走后，朱由校却陷入了沉思。
向辽东运粮，需要海运；向奴儿干运粮，更需要海运。而且，奴儿干附近海域，天寒地冻，更是多年未曾行船，航线不明。如此一来，必须要派水师前往探路。可大明如今的水师，却让朱由校感到头痛。
小水沟里的泥鳅，这是朱由校给大明水师的评价。
自郑和以后，大明的水师便逐步退化。如今，南方的水师尚有几分出海作战的能力。而北方的水师，则只能在近海游弋
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