聃344年即位时还是个婴儿，由其母褚太后掌政、何充辅政。然咸康末年王导、庾亮相继而卒后，一直是王导外甥何充与庾亮弟庾冰夹辅王室，而冰弟庾翼镇荆州，既互相合作、又彼此抗衡。穆帝即位两月之后庾冰即卒，次年庾翼卒。此数人去世后，元老名臣所余无几，而王庾二族亦无足以继承世业的子弟，不得已之下，何充于庾翼卒后调整朝局，以桓温代庾翼镇荆州，用桓温驱逐了庾氏势力，与先已镇徐州的皇太后父褚裒分居上下游要镇，而于中枢提拔夙负盛名的名士殷浩。不久何充即去世，代之辅政的是蔡谟与元帝幼子会稽王司马昱，司马昱继承了何充留下的格局，但是与何充略有不同的是，来自上游桓温的压力此时已经比较明显，故司马昱要倚任殷浩甚至褚裒来对抗桓温。然永和人物论雄才大略实无过于桓温者，殷、褚清名甚盛，但均无实际才干，司马昱本人被谢安评为“惠帝之流，清谈差胜”，亦可知其政治才华何如。朝廷以殷浩为中军将军、都督五州诸军事，委以北伐重任，以此抗衡桓温。结果殷浩大败而回，桓温遂掌大权。随着桓温实力增加与威望上升，中枢诸人迟早将无力与之对抗，这是何充甚至司马昱都没有想到的。因而永和一朝的政局，于安定中寓危机，于风雅中寓凶险，虽不见刀光剑影，政治斗争却十分激烈。穆帝在位期间东晋派褚裒虽然北伐失败，但是由于桓温消灭了在四川立国的成汉，并夺回洛阳，但东晋的版图仍然有所扩大。穆帝永和年间是东晋一朝比较安定的时期，内外门阀士族相维相制，北方后赵浸衰以至分裂，无力南图，因而形成了“中外无事十有余年”的大环境，因而名士风流、清言隽永，就成了永和之政的重要标志。这一时期主要主持朝政的会稽王司马昱和扬州刺史殷浩，都以能清言著称，而司马昱最为信重的“入室之宾”刘惔与太原王濛，更是一代名士之宗。
东晋第六位皇帝，成帝子，穆帝堂兄，哀帝司马丕。哀帝本应继（成帝）司马衍之位，但由于权臣庾冰的反对而无法即位。在穆帝司马聃病逝无子后，361年由禇太后立琅琊王司马丕为皇帝，但因大将桓温当国，哀帝形同傀儡。哀帝即位不久就迷上了长生术，按照道士传授的长生法，断榖、服长生不老之药，结果哀帝服药后药性大发而不能听政，遂由褚太后再次临朝。
东晋第七位皇帝，成帝子、哀帝同母弟，废帝司马奕于365年即位。桓温掌握朝政，且桓温也有意废掉司马奕自即位为皇帝，在位5年被大将军桓温废为东海王，又贬为海西公，迁居吴县。之后司马奕心灰意冷，提心吊胆、苟且偷生，沉迷于酒色至死。桓温改立新帝后，开始陷害一些政见与他不合的皇族和大臣，将殷、庾两大强族的势力削除殆尽。
东晋第八位皇帝，元帝少子，简文帝司马昱。371年十一月己酉日被桓温拥立为帝，完全听命于桓温。东晋自司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀的轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿、明帝司马绍稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为“君”，史称“政由桓氏，祭则寡人”。第二年七月司马昱得了重病，连发四诏催促尚居姑孰的桓温入朝辅政，桓温故意推辞，简文帝遂遗诏“大司马温依周公居摄故事”，又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。出身太原王氏的侍中王坦之迫简文帝同意将遗诏改为““家国事一禀大司马，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）故事。”就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。桓温原本指望简文帝司马昱去世前禅位于他，或自己摄理朝政，但大失所望，于是拒绝入朝，直至宁康元年（公元373年）二月才到建康朝见孝武帝，并带兵入朝。群臣惊慌失措，由于侍中王坦之、吏部尚书谢安应付自如，恒温才没有发难，晋朝得以安宁。三月，桓温退兵。七月，恒温在姑孰病死。
东晋第九位皇帝，简文帝司马昱三子，孝武帝司马曜，母亲是孝武文太后李陵容。372年即位。即位初期由从嫂崇德太后褚蒜子临朝听政。14岁时（376）开始亲政，实权由谢安为代表的陈郡谢氏掌握。即位时期由于税赋改革与谢安当国，被称为东晋末年的复兴。司马曜是汉族王朝第一个公开信佛的皇帝。谢安当权的最大弱点在于没有可靠的军事力量支撑。由于对内要防范仍在荆州盘踞的桓冲势力，对外要对付日益强盛的前秦政权，谢安推举自己的侄儿谢玄为兖州刺史、徐州刺史，驻节北府（今江苏镇江）。谢玄招募刘牢之、何谦、诸葛侃、高衡、刘轨、田洛及孙无终等骁将，整合他们麾下以流民为主的军队，组成了赫赫有名的“北府兵”，这不仅是巩固了陈郡谢氏的势力，更为江左华夏政权的存续提供了坚强的保障。太元八年（383）七月，“五胡十六国”中的“（前）秦”（宣昭帝）苻坚，兵发90万大军南下灭晋，谢安等指挥8万晋军在“淝水之战”中以少胜多。谢安死后司马曜利用士族门阀人才断层的空档期，致力于冲破门阀政治的格局，恢复司马氏皇权，遂以其弟司马道子代替谢安执政，并成为东晋开国江左以来最有权力的君主。但司马道子当国，以及孝武帝嗜酒成性，优柔寡断，导致东晋政局再度陷入混乱。396年九月庚申司马昱被宠妃张贵人杀死。
东晋第十位皇帝，孝武帝司马曜长子，安帝司马德宗。第一次在位是397~403年，第二次在位是404年~终。安帝继位时，东晋皇帝的地位已经大大下降，朝外许多将军实际上自立，不受君命，朝内的权力也往往落在大臣手中。安帝的智力有点问题，说话不太利索，连冬天与夏天的区别都认不出来，因此朝廷的权力实际上完全由当朝大臣掌握。安帝初期朝廷政策主要由（会稽王）司马道子主持。隆安元年（397年），尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，图谋削弱各方镇，引起青、兖二州刺史王恭不满而起兵，桓玄遂怂恿荆州刺史殷仲堪响应王恭，朝廷畏惧，故杀王国宝、王绪以息事宁人。隆安二年（398年），桓玄向朝廷求为广州刺史，司马道子任命其为督交、广二州军事、广州刺史，桓玄受命后却不到职。豫州刺史庾楷又因不满其辖区被割予江州，因此以讨伐司马道子心腹谯王司马尚之、江州刺史王愉的借口再度举兵，更联同了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓温之子桓玄及南郡相杨佺期，并再推王恭为盟主。司马元显受命为征讨都督、假节，统率王珣、谢琰、司马尚之等对抗，王恭因其北府兵出身的部将刘牢之叛归朝廷而兵败被杀，桓玄等人退兵。朝廷为表安抚，乃任命各人官职，而以桓玄为江州刺史（首府浔阳，今江西九江）。桓玄、殷仲堪、杨佺期等三人惧怕朝廷讨伐，虽然相互间已生猜忌之心，但不得不合作自保，因此于浔阳正式结盟，桓玄因其家世声望而被推为盟主，遂更加骄傲。当时东晋的局势，朝廷内有司马道子、司马元显父子相继专权，外有桓玄等三人与刘牢之、司马尚之割据，而京师建康（今江苏南京）以南一带，更为变民孙恩盘踞，国内大乱。隆安三年（399年），桓玄消灭荆州刺史（首府江陵，今湖北江陵）殷仲堪、雍州刺史（首府襄阳，今湖北襄阳）杨佺期二人势力，尽占长江中游一带。400年孙恩从海岛登陆进攻会稽，401年攻浃口、临海、广陵，晋军多次战败。朝廷不得已乃任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州及扬、豫八郡诸军事、后将军、荆、江二州刺史、假节。402年孙恩封锁建康，城内饥荒。东晋在暂时压制孙恩的势力后，权臣司马元显决定铲除桓玄，以手握晋军精锐北府兵的将领刘牢之为前锋都督出兵讨伐，然而刘牢之唯恐消灭桓玄后，不能被司马元显所容，又打算假借桓玄的力量以除掉当政者，自己再趁机夺权，因此不战而降。桓玄遂顺利东下，进入建康，杀司马元显。不久，并解除刘牢之的兵权，刘牢之因此意图叛变，事败自缢。桓玄更矫诏以任命自己为太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，完全掌控国政，随即又接连诛杀北府将领，以铲除其势力。402年安帝亲征桓玄，但数次战败。桓玄自封为丞相、太尉。同年孙恩为临海太守辛景所败，自杀身亡。403年（402年十二月庚申）桓玄杀司马道子，从此成为东晋的主宰者。他于同年秋又自号楚王、大将军，随即篡位，改国号为“楚”，史称“桓楚”，贬安帝为平固王。以北府旧将刘裕为首的数名将领举兵讨伐桓玄，桓玄军队大败。桓玄挟安帝逃往江陵，安帝复辟为皇帝。但6月桓玄的将军桓振攻陷江陵，安帝又被俘。409年刘裕开始北伐，攻南燕，屡战屡胜，南燕灭亡。广州刺史卢循反叛后在交州被刺史杜慧度杀死。刘裕在朝中独掌大权，排挤和
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