”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年，小岛一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难。
15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为海军中尉，专长为拆弹爆破。某日，福特接到对方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著于辐射外泄真相之追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，妻子艾丽鼓励福特前往那里顺道修补父子关系。
将父亲保释出后，福特在乔的说服下，两人前往废电厂管制区寻找证据遗物，却赫然发现早已没有辐射污染。
乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地则是“帝王计划”的研究场所，致力于研究一个穆托的蛹，并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出的资料，发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同，是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的。
蛹内的穆托，一直以来有与外界期性沟通的迹象，但不知作用为何。然而此时穆托发出的频率越来越频繁，芹泽只好启动电网，意图杀死穆托，然而失败。穆托发动电磁脉冲瘫痪了研究所内的电子设备，乔和福特也趁此机会顺利逃离。但在此时穆托破茧而出，毁坏了大半的研究所，混乱当中乔从高处摔下，送院途中不治身亡。而穆托则朝着太平洋另一端振翅而去。
发现怪兽出没的军方，早已在太平洋周边进行防御部署。芹泽告知军方：以穆托的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间，亦侦测到哥斯拉苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助哥斯拉的威力来消灭穆托。然而指挥官担心会伤及无辜，表示不予认同。
在父亲身亡
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