林卿他们陷入危机的时候，军部这一次也开始了巨大的动乱。原本军部的格局是林启森、顾雄、张翰信、莫舜安是联邦军部的四大元帅，借此军权分立四人，不会有人能够大权独揽的情况，而联邦正式的领导人徐秋柏则拥有政治上的管辖权，联邦的总统可以对军部下令，不过如果四位元帅都不能认同的话，那么这个命令也是无效的；但是任何一个元帅都不能直接指挥军队，除了战争时期，否则一定要经过其他三个人的同意。
不过军部实际上也是分成了四个派系，一是林启森的中立派系，拥护着联邦总统徐秋柏的领导，坚持和平的方式，不喜欢动用武力。林启森是几人中态度最温和的一位。他并不主张全部通过武力来解决所有的问题，但是也不赞同完全将武力弃之不管。在他看来，现在的联邦并不是很久以前的联邦，那时候刚刚建立一切的制度都需要用武力来约束和规范，也不是完全的自治，所以还是需要有人进行管理和推动，而比较正确的做法就是听从联邦总统的指挥而军部则是用其能力，来实现他的想法。
二是莫舜安的远征派，不想参与这些人之间的博弈，只有纯粹的战斗才是他所追求的。征服所有的敌人，不过他所说的敌人是那些在外星系的人，他不赞成联邦之间的内部争斗，像那些反叛军什么的，如果在用强硬的手段的话，可能只会在联邦人们心中造成不好的影响，所以莫舜安总是参加远征任务，这样就可以远离这些弯弯绕绕的人们的关系。他他认为现在还在中心区里生活的那些军部上层，以及行政系统的上层都已经习惯了这样奢侈的生活，和那些高高在上的地位，所以他们不愿意轻易的用战争来破坏自己的稳固的生活。叛军可能会推翻现在的政府，没有足够的准备他们是不会轻易行动的。
三是顾雄的主战派，他主张的是用武力
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