苏联大本营重组了各方面军并重新指派司令员。庞大的西方面军被分成两个便于指挥的较小的方面军――白俄罗斯第二和第三方面军其他方面军也被重组负责的地域也重新划分。到4月在普里皮亚特沼泽以北共有八个方面军从北向南依次为卡累利亚方面军列宁格勒方面军波罗的海第三第二和第一方面军白俄罗斯第三第二和第一方面军在普里皮亚特以南与白俄罗斯第一方面军左翼相连的是明显向西突出的乌克兰第一方面军他们也将参与这次主攻。到5月中科涅夫元帅从朱可夫手中接过乌克兰第一方面军而在朱可夫之前则是已战死的瓦图京。同时两位在克里米亚表现突出的集团军司令被提升为方面军司令。切尼亚霍夫斯基上将以38岁成为最年轻的方面军司令1942年他是一个坦克军军长而在库尔斯克他则指挥了第60集团军尽管他是个犹太人――这点常常招致斯大林的猜忌――切尼亚霍夫斯基的彪炳战绩使他同时获得了朱可夫和华西列夫斯基的推荐他被任命为白俄罗斯第三方面军的司令。这个方面军位于斯摩棱斯克以西此前此处是西方面军司令部所在地。
彼得罗夫上将也被任命为白俄罗斯第二方面军司令该方面军位于莫吉廖夫地区。不幸的是梅赫利斯的恶劣影响在红军中依然存在他使斯大林相信彼得罗夫身体状况不佳无法胜任此职最终他被扎哈罗夫所代替――这也是一位在克里米亚表现突出的将军。1944年晚些时候彼得罗夫被委以在南方新组建的乌克兰第四方面军司令一职。其他方面军方面身经百战的罗科索夫斯基指挥着最为庞大的白俄罗斯第一方面军其战线从普里皮亚特以南的科夫尔Kovel一直延伸到罗加切夫-日洛宾Rogachev-Zhlobin地区。而新晋升元帅的巴格拉米扬则指挥着巴格拉季昂行动北翼的波罗的海第一方面军。
方面军司令之上则是大本营代表。他们有时会有自己的参谋人员――总参谋长华西列夫斯基元帅就带上了一部分总参谋部人员去上任。他将协调北翼的两个方面军巴格拉米扬的波罗的海第一方面军和切尼亚霍夫斯基的白俄罗斯第三方面军。副统帅驻科夫则负责协调罗科索夫斯基的白俄罗斯第一方面军和扎哈罗夫的白俄罗斯第二方面军他们是此次攻势的中路和南翼。
这种复杂的指挥结构并不意味着方面军指挥官仅仅是大本命令的执行者。恰恰相反对于如何摧毁中央集团军群的争论就一直没有停止过。一个最基本的问题是即使在这个阶段中央集团军群当面的红军仍无法形成压倒性的数量优势。当大本营开始策划这次行动时他们发现在中央集团军群42个师85万人当面的四个方面军波三白一二三只有77个苏联师和5个机械化军约100万人。为寻求足够的数量优势大本营最终为中央集团军群当面调来了5个合成集团军2个坦克集团军1个空军集团军1个波兰集团军和11个机械化军总共40万人而这一切都为了一个目的尽可能快的消灭当面德军。
为此斯大林于5月22-23日把几乎全部面对中央集团军群的指挥官都招到莫斯科开会。与会者包括安东诺夫朱可夫华西列夫斯基罗科索夫斯基巴格拉米扬诺维科夫空军司令还有波罗的海第一方面军白俄罗斯第一第三方面军的军事委员会白俄罗斯第二方面军未包括在内因为他们不承担主攻角色。
首先是总参谋部陈述初步设想主要是在明斯克以东合围中央集团军群主力并歼灭之。在这次深远的钳形攻势中巴格拉米扬和切尼亚霍夫斯基将在维帖布斯克合围德军罗科索夫斯基则要试图构建一个双层战术包围圈用两个坦克军合围在普里皮亚特北部边沿的博布鲁伊斯克的德军。对复杂机动一贯持怀疑态度的斯大林这次也没有例外他粗暴的反对博布鲁伊斯克的计划但罗科索夫斯基坚持己见并最终获得通过。