赣州失守后，清军大举入闽，攻下福州。隆武朝的武将郑芝龙公开投敌，隆武帝被俘遇害，隆武朝也步了弘光朝的后尘。此时，苏观生急于回广州拥立新主，置邦彦的凭借五岭和韩江天险，抵挡北、东两面来敌，以保住广东，建立巩固的根据地的建议于不顾，下令全军撤防。邦彦要苏观生火速率主力取道惠州和潮州，救援尚在苦撑的泉（州）、漳（州）前线守军，并请求自领一军扼守南安，抵抗北路清军的请求也未被采纳，只好一同南撤。
隆武朝灭亡后，桂王朱由榔被拥戴在肇庆即位，建元永历。一个月后，隆武帝的胞帝朱聿从福建逃来广州，被苏观生等人拥立为绍武帝。于是，肇庆、广州咫尺之间，两个******为争正统而同室操戈，在三水展开了一场内战，暂时获胜的绍武帝还未高兴过来，就被攻入广州的清军杀了，绍武朝短短40天的历史也画上了句号。
且说永历帝闻清军攻入广州，就不顾一切地亡命。1647年，清将李成栋攻陷肇庆，深入广西腹地追赶永历君臣。陈邦彦化名到高明招募义军、并冒险到甘竹滩说服两千多绿林豪强归顺。期间，邦彦来到新会崖门，凭“宋末三忠“殉国之地，慷慨赋诗《崖门吊古》：往事苍茫不可寻，东风吹雨昼阴阴。精云拟共湘波怨，遗恨长留越客吟。赖是圣明回汉甸，只今邦计仗南琛。春陵佳气中兴日，借取当年义士心。诗作中忧愤国事而表明了自己的气节并对斗争胜利充满信心。之后，邦彦派门生马应房与之合兵收复顺德。接着他又相继串连东莞张家玉，南海陈子壮，顺德胡靖、梁斌，新兴梁信灼，新会黄公辅、何世熊，恩平王兴，阳江莫廷兰，东安（今云浮）何仕璋举义，合力牵制清军。李成栋被迫放弃追击永历帝，回师东下。邦彦得报，派马应房等率水军到顺德黄连乡北拦江截击，奈何寡不敌众，败于敌手。邦彦又趁李成栋进攻张家玉部之机，会同高明麦而炫、欧怀昊一举攻下江门。视邦彦为心腹大患的巡抚佟养甲，用卑劣手段动持邦彦妾何氏和幼子和尹、虞尹来要挟邦彦归降。邦彦在招降书上凛然批复：“妾辱之，子杀之，身为忠臣义不顾妻子！“结果，何氏与两幼子惨被杀害。
以后，邦彦与陈子壮合兵攻打广州。不料陈子壮提前两天行动，加上举措失当，
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