渐渐淡去。也不知是老天在为一个王朝的覆灭哀鸣，还是在迎接一个新朝的复兴。
五日后，脱欢奏报陵墓已经建成，请旨移灵。其陵选在城外一处皇苑，仿汉人陵墓修建，但仓促间建成十分简陋，规模甚小，占地不过五亩，封土只有两丈高，因为南朝没有赐下庙号和谥号，陵前墓碑上只能以汉蒙文题写‘元末帝之陵’。赵昺开恩，允其在陵区建寺供奉祭祀，为其守陵。
十日后，江璆奏报，城中基本清理完毕，此战城中军民伤亡甚重，搬运出城尸体达三十万具。北城战斗最为激烈，毁损房屋上万间，道路、商铺几乎无一得存。皇城经历阿难答的荼毒和战火波及，房屋被毁上千间，但商业区大体得以留存。宫城中由于没有爆发激烈战斗，除皇后翰儿朵皆被烧毁，周边的殿舍受到波及外，大部分殿宇得以完整保全。
赵昺下旨先将损毁的城垣和城门修复，疏通城中的道路，允许逃出城的百姓回城重新择地安居。被俘的蒙元官吏经筛查后可以留用，以便弥补官员短缺的情况；蒙古人除商人和工匠外禁止回城，民迁往山东和两淮地区分散安置，被俘兵将和官员暂编为伍充作役军，后续再做安置。
此战后，城中的蒙古人和色目人锐减，由八十余万人到不足三万，而大都城也由百万人口减少至不足十五万。这样做虽然残酷，但是也是为了日后的需要，要将不稳定因素消除。
不过破城后所获亦是甚丰，仅粮食就得到百万石之多，从旧朝勋贵手中收缴金达三十万两之巨，银两千余万两，珠宝器皿无算，可见蒙元官员贪腐之盛。而宫中也尚存有大量宝物，其中不乏女真当年掠夺汴京皇宫，蒙元强抢临安皇宫中的旧物，这让赵昺不由感叹世事弄人啊！
九月初一，行营迁入大都城，赵昺在大明宫举行大朝会，召见文武众臣，同时下旨嘉奖有功，犒赏三军，大宴三天。但他并没有久留大都，半月后任命江璆为河北、河南和山东制置使，兼领燕京府事。
与此同时，开始布置撤军，第一军和炮一师驻留大都，戍守山南、山北诸州；第二军开赴真定镇守；第三军开赴长安镇守；第四军前往山东；第五军前往山西；第八军仍回襄樊；第十二军和十三军搭乘海船返回驻地。
将开战后编成的十数个保安旅改编为边防军分赴宣德、开平、宁德等沿边重镇戍守。第一水军留驻直沽，保卫海防和海运通路。陆战队各自规建，工程师则负责在沿边修建戍堡，利用枯水季修通大运河至大都城内的运河。布置完毕，行驾乘舟沿运河南下还都，至此第二次北伐胜利结束……
祥兴十九年，在赵昺主持下进行行政区域改革，大宋全境共重新规划为二十个省，一百余府、千余州（县），形成中央、省、府、州（县）四级行政管理机构。
同年，赵昺下诏加强海贸，巩固旧有西洋航线外，利用新开辟环球航线，打入北美、北美市场。同时在南北皇田试种引进的玉米、花生、番薯等新品种。
祥兴二十年，赵昺着令兵部制定军事要地图谱，对禁军和州军进行整编，扩充骑军，加强边防军力。经多番研讨后，保留八个军的禁军，炮军扩编为五个师，骑军十个师，水军保留大小舰船千艘，远征军得以继续保留作为战略支援军。内地州军缩编为旅，编余兵力加强到边防军。
调整后大宋保有禁军三十万、州军十万，边军二十万，共有兵力达六十万。而后对诸部军将进行调整，江钲致仕，韩振接任枢密副使，一干禁军老将回京入枢密院任职，一大批青壮将领晋升各部主将。
祥兴二十一年，赵昺任命降臣方臣祐为高丽招讨使，出动水、步军三万前往高丽。李氏不敢交战请降，愿为大宋属国，降爵为王。赵昺赐其为高丽王
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