端友为了保住孔家的传承宝物，所以携带着南下，投奔在临安建立南宋的高宗赵构。
这个时候孔门还只有一位衍圣公，那就是孔端友。可是金人也想要扶植起一位衍圣公，以此证明他们才是正统王朝。当初孔端友南下的时候，他的弟弟一门是留在北方守住孔林和孔庙的，所以没有跟着南下，这就成了金人利用的筹码。
所以金人先扶植起了伪齐政权，刘豫出任伪齐政权的皇帝。让刘豫出面，将孔端友的弟弟孔端操的儿子孔璠册立为衍圣公。这个时候就出现了南北两宗衍圣公的局面。南边是孔端友这一支，他们是正儿八经的嫡长子孙系，而北边是孔端操这一系，他们是金人扶植起来对抗南方的筹码。
从身份角度来看，嫡长子孔端友这一脉当然是正统，可是从地理位置上来说，孔端操这一脉驻守在曲阜的孔庙和孔林，所以他们也不能说不是正统。
要是只有南北两宗也就算了，到了蒙古人南下的时候，衍圣公的情况再次发生了转变。当时曲阜孔庙驻扎的衍圣公是孔元措。他是金人扶植起来的，可是蒙古人南下进攻金朝时，就不得不学习孔端友南下避难，他跟随着金朝政权到了汴京，而曲阜孔庙则让他的族兄孔元用来负责打理。
蒙古人到了曲阜，发现衍圣公不见了，索性就在当地改立了一个，他们将孔元用、孔之全父子俩立为了衍圣公。这么一来情况就更复杂了，在南宋有孔端友这一脉的衍圣公，在金朝有孔元措这一脉的衍圣公，后来蒙古占领曲阜又有了孔元用这一脉的衍圣公。
中华大地上同时出现了三派衍圣公，谁都觉得自己是正统衍圣公。一直到蒙古人打下了汴京城，金朝的衍圣公孔元措被蒙古人活捉了，于是他又被蒙古人立为了衍圣公，之前他们立的衍圣公孔之全就被废掉了，充任了曲阜令，可这么一来南北两宗衍圣公的局面再次出现。
令人意外的是孔元措没儿子，这下子问题又出来了，他死后没有子嗣来继承爵位，蒙古人无奈之下只好把孔元措弟弟孔元孙子孔立为衍圣公。可是孔浈这个人出身有问题，他老妈已经改嫁了老李家，孔也跟着姓了李，所以没多久就被废掉了。
事情就一直到蒙古南下灭宋之间这段时期，中原是没有衍圣公的，待灭宋后忽必烈就让江南袭衍圣公孔洙入觐欲立其为正统。而这时尚远在琼州的赵昺一气之下不仅将北狩接受蒙元封号的德祐帝及皇亲国戚开除宗籍，连衍圣公一道给废了，且没有另行敕封。
而孔洙可能出于自身考虑，觉得如果接受元朝任命，需要定居曲阜，不能南返，孤身一人在曲阜做衍圣公，肯定会受到北宗孔氏激烈的排挤和刁难，因此他选择了谢绝了衍圣公的封号。忽必烈也被此事搞烦了，索性选择暂时不立衍圣公了，实际上这时衍圣公的封号空缺……