为类似庆元党禁那样的党争；在理学认定为官学以后，很容易滋生出一批应景的假道学。这是从理学本身来考量。也为后来朝堂上的争斗和学乱埋下了隐患。
在南宋政治环境恶化之际，知识分子还能否“独善其身”？不可否认，在秦桧、韩侂胄、史弥远与贾似道专政时代，那时知识分子中也有鲜廉寡耻之徒，钻营进入统治集团的权力体制，迎合当局专制独裁的政治意识。但那些有自己独立价值追求的知识分子，大部分宁愿闲居不仕，不再入朝为官。
知识分子独善其身，无非要有三个空间：生活空间、学术空间、政治空间。南宋即便类似庆元党禁那样的黑暗时期，这三个条件也仍然具备。
生活空间上，宋代有这个条件，哪怕不去担任实职性差遣，还可以领取一份薪水，这是宋代优待士大夫的政策。例如陆游，即便闲居在山阴老家，只要没将他从官簿上除名，其俸入还可以保证最基本的生活水准。所以在籍士大夫官僚即便不在朝任职，也能保持起码的生活空间。
另外国家权力没有取缔书院，知识分子仍留有一定的学术空间。国家权力尽管可以流放知识分子中的反对派，但限于‘不杀士大夫与上书言事人’的祖宗家法，却无法在肉体上消灭他们，这在为知识分子预留政治空间这点上，还是很重要的。
从外部来看，宋代最高统治者对宋学各派所取的态度，不外乎接受、压制与调和三种选择。宋神宗起用王安石变法，可以视为接受的模式。南宋前期，对王学以及洛学，采取不同程度的压制方式，其极端就是庆元党禁。第三种是调和的模式，从宁宗后期起到理宗时期，国家权力把理学确认为官学，吸纳进主流统治思想里。
但必须强调的是市民社会、经济大潮与知识分子的独善其身，并不是截然对立，相互排斥的。由于宋学价值观的确立，尽管其内部也有过王霸义利之争，但即便是强调利欲合理性的那些学者与士人，在讲功利，讲利欲时，也秉持着理性的态度，主张有一种自觉的约束。
因此也会有一部分士大夫去做官，期待通过自己的入仕，尤其通过提升皇帝的内省功夫，来达成他们内圣外王的政治追求。于是，就有朱熹那样热衷于当“帝王师”的士大夫学者。而一旦连帝王师也当不成，彻底碾碎了其“外王”梦后，还可以退出庙堂，疏离政坛，闲居不仕，独善其身地从事自己的学术研究与学派传承。
理学奠基于北宋时期。周敦颐、二程、张载、邵雍等人，反对汉唐经学教育只重章句训诂、笺注，主张为学要讲究明心养性，讲明义理，认为仁、义、忠、信不离乎心，本源于理，正心、诚意、修身为为学之本，必须以《易》为宗，以《大学》、《中庸》为体，以孔、孟为法，构建起理学的基本体系和框架。
南宋书院的勃
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