事宜则由左、右相和参知政事及枢密院正副使组织堂议，或增加六部尚书同堂议事。一旦得以通过，由他在决意上加盖印玺，旨意直接下达给六部或各军执行。
而赵昺的‘私旨’只要不是涉及国事，只需左、右相或是值守的参知政事签署就可以发送六部或地方执行。而后设立军机处也是以挤压相权为目的，后来一连起草诏书和审核奏章也交由御前办处理，以致有人将御前办主事称为‘内相’，有了取代外朝的趋势。
所以赵昺虽然当初建立御前办只是想减轻自己的工作压力，协助自己分类整理文件，收集资料和保管重要文件，对接中央和地方部门工作，而成立的秘书处。但实际上当下的御前办已经有了中书省和门下省的一些职能，参与到重大事件的前期决策，从而在一定程度上影响到了朝廷的运作程序和事件走向。
赵昺当然清楚如此做在战时和处理突发事件，作为一个临时机构存在勉强算的上合理，而他的目的也是在通过在御前办工作，受到自己的思想影响，并作为后备干部进行培养。但是作为帝王的幕僚，这些人在资历和理政经验上皆相差甚远，无法承担参赞军机的作用。
当前形势趋好，领土已经稳定在淮河沿线，面积比当初在琼州扩大了百倍有余，人口也已经达到四千万左右，事情也是越来越多，到了目不暇给的地步。赵昺以为现下的朝廷机构并没有能与时俱进，不但自己对纷杂的事务难以及时处理，朝廷也已经不堪重负。
因此调整朝廷机构，理清运作程序及完善议事和决策职能已经是迫在眉睫的事情，因而赵昺想着要逐步健全相关机构。但是他对增设那些部门，如何确定职能还只存在于设想当中，并没有详细的方案。所以今日便与王应麟提及此事，想在回京前能有个眉目。
眼下从三省六部制的优点来看，它确实是一项很好的制度。是不是优点多就一定会得到长期推广呢？赵昺的答案是否定。中书门下体制建立以后，三省机构依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趋严密和完善。但三省与宰相分离，中书门下成为宰相府署，独立于三省机构之上。
在这种体制下，中书门下直接指挥诸使、诸郡、诸军执行政令，宰相对于行政事务的干预越来越强，甚至直接下行过去由尚书六部处理的事务。宰相与君主的联系更多的作为“参总庶务”的政务官，而不再是“坐而论道”的咨询者。
而今选择恢复三省制，是完全照搬前朝的版本，还是吸取前人的经验，有选择的保留，赵昺还在犹豫。因为这不仅关系到增加公职人员和开支的问题，还涉及到如何维护自己权益的问题。一旦放权过多，自己多年的努力岂不前功尽弃，重新被架空，弄不好又变成了吉祥物被人供着了……