赵昺在掌权之初就开始建立自己独立的情报机构，这十多年来从无到有，从弱到强，也颇具规模。对内基本上已经覆盖了江南地区的重点州县，并对要害部门及重点人物进行监控；对外触角从两军对峙的战场，到蒙元境内的两个都城已经建立完善的情报网，并开始向军事重地渗透，对蒙元上至政治动向和兵力调动及政经情况基本上已经能做到适时监控。
同样蒙元对己方的情报收集工作也未停止，不但利用遗留在江南的部民和旧官获取情报，也利用逃过打击和审查的降官向己方的政府机构渗透，且不断的收买对己方不满的各阶层人士实施破坏活动，同时向江南派遣探子直接参与行动。
据赵昺所知总管两淮军政的伯颜就在江北设有一个专门针对宋朝的谍报机关，负责间谍和反间谍事务，事无巨细，都要其先行审阅后才付诸实施。这个机构权力很大，甚至操有生杀大权，可以不经请示便抓捕、审讯和处决中低级官员，权力堪比冷战时期美国的CIA与FBI的集合。
蒙元派遣到江南的间谍，主要都是从沿江军事分界线上的汉民中招募，另外被掳掠到江北的驱口也是重要来源之一，这些人本就是宋人，从口音、行止及生活习惯与当地人无异，又在这个信息传递缓慢和战争刚刚结束的混乱时期，实在难以一一加以甄别，很容易以流民的身份重新获得户籍，甚至分得土地潜伏下来。从而通过募兵和科举混进军队和官府。
另外蒙元派遣的间谍为了方便他们活动，自然都要以各种身份作为掩护，其中比较常用的身份，就是商人和僧人两种。当下蒙元两国虽然没有在边境线上设置榷场进行交易，但是并没有禁止蕃商通过海上入境参与跨境贸易。这便给蒙元派遣谍报人员提供了可能，尤其是他们可以利用附属于他们的高丽海商充当探子，他们可以堂而皇之地在江南收集情报。
乔装成僧人的蒙元间谍往往以“出家人云游四海”的名义在宋朝境内活动，或者到江南寺院或道观出家后潜伏下来搜集情报。对此赵昺没有什么好办法，只能令寺院和道观对新近收留的宗教人士进行详细登记，报与主管部门，并知会当地官府。
这些蒙元情报人员不但会将收集的军事情报传递回国，还会重金购买己方官僚文人的诗赋政论，通过解读以获取情报，了解宋朝的政治动向。而京城中的各种公开发行的小报也是他们重点收集的对象，里边不仅有民间的琐事，也有朝廷发布的政令及官员发表的观点，从中自然能够收集到所需的情报。即便在当代，许多国家的高级间谍也不会通过打打杀杀去窃取情报，而是只需翻翻报纸，看看新闻就能够从中找到想要的东西。
除了这些方式，酒楼茶馆及青楼瓦肆，驿馆码头这些人员出入频繁之地，也往往是信息交换的场所，只要留心一样能从只言片语中获得有用的信息，自然也是探子们经常出入之地。而与现代一样，那些打着外交使团入境的使者也往往肩负着收集情报的责任，也是其进行情报活动的幌子之一。
虽然宋朝在反间谍方面通过种种方式严防死守，限制外来人员的活动，但是并不能完全断绝敌方间谍的活动。即便有长江险阻也不能完全阻断他们的往来，毕竟数千里的江岸上不可能时时有人监视，这个任务在现代也是难以做到的。而蕃商虽然被限制在某些城市中进行交易，可来自各地的本土商人同样可以为他们带来想要的消息。
所以赵昺只能通过对军队进行教育的同时，还以严格的纪律进行约束，并在军中建立专门机构实施反制。而政府部门则是利用严格的准入制度，对进入核心部门的人员尽心审核，背景不明的人员是无法进入的，且重点人元也会受到事务局的监控。
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