而使政府负担不致过重。而新附军人的装备，全由政府供给，口粮每月米六斗、盐一斤，家属每月每人支粮四斗，可以说供给全是由国家财政支付，庞大的数目对于哪个国家都是沉重的负担，忽必烈便将他们当做了消耗品。多年后屯驻江南的新附军数量大为减少。
随着对外战事的减少，忽必烈觉得江南业已稳定，便在至元二十二年，元廷将江淮、江西两行省所辖兵力进行了整编，重新编成三十七个万户镇戍各地，其中又区分为上中下三等，算下来屯驻江南的元军总数也就减少到二十余万，比之从前少了近半。
经过整编后负担是减轻了，但是随之而来的是地广兵少的矛盾便凸显出来，唯一解决的办法就是将有限的兵力部署在重点地区，一般按照府治由万户府镇戍，再分兵驻守所辖的州治，县里一般就由新附军和乡兵组成的尉军担任维护治安，讨贼缉盗的任务，而根据县的等级不同，配置的尉军也由二、三百到上千人不等。
不过蒙古人对新附军十分不信任，不给他们配备兵器，尉军们只能人手一根闷棍，以致在缉盗的时候不但无法抓住盗匪，反被其所伤。考虑到现实情况，经过慎重考虑蒙古人才给大县的尉军配发了十副弓箭，小县只有五副弓箭，由此可见其战斗力如何了。
所以尉军吓唬下乡民百姓还凑合，打仗还得依靠镇戍军。这也使得占据偏远地区的宋朝义军得以发展、壮大，而开战后也能迅速收复众多县城的原因。当下赵昺一声令下，江南地区烽烟四起，江南元军顾此失彼，自顾不暇，当然也就难以支援其它地方的战事，只能看着其被宋军逐个歼灭。
另一方面元军各万户府归于枢密院管辖，而枢密院使例由太子或宗王兼任，所以现在是真金兼任枢密使统管各地镇戍军。可忽必烈死了，他又还未能登上汗位，南必皇后又以太后的身份监国，由大汗直领的怯薛军兵权也未能转移到他的手中。
这种种原因使得真金手中的权力大受限制，能够辖制诸位宗王的也就只剩下枢密使这个实职了，而他要想能成功登上汗位就必须抓兵权。但是各个宗王能否支持他尚很难说，当下宗王出镇的地区，有岭北、河西、土蕃、云南、江南等地。出镇宗王中，以北边宗王军权在握，权力最大。江淮诸王统军权略为逊色。河西、云南诸王则介于两者之间。
漠北本是蒙古勃兴的根本之地，和林更是昔日帝国首都所在，但在元朝将政治重心南移并定都于开平、燕京以后，漠北失去旧日的辉煌而被视为边徼。然而，元朝皇帝作为名义上的蒙古大汗，必须统有草原地区，使漠北诸王听命于自己，确保该地区政治上不向敌对势力动摇。为此，元朝逐步地加强了漠北地区的军政建置。
至元三年，忽必烈封第四子那木罕为北平王，出镇漠北，统领诸王之军，以防范海都等拒命的西道诸王。至元八年，趁海都与察合台系后王争夺河中地区时，那木罕受命率岭北诸王军队进驻阿力麻里。元朝在不断补充阿力麻里驻军给养、军器等物的同时，又派中书省右丞相安童以行中书省事、枢密院事之衔，前往阿力麻里，以辅佐那木罕，并加强对海都的进攻。
但是，这个出镇体系在至元十三年冬被打破。是时诸王昔里吉等执那木罕、安童叛元，漠北陷入混乱。后经元朝发兵，勘定战乱，但西部防线已向东撤，不过和林仍是漠北戍防重镇，称海等地则设宣慰司管理驻军的屯田、戍防。至元二十一年，那木罕等人获释还朝，又被忽必烈改封为北安王，仍受命出镇岭北，其作为忽必烈的幼子也是汗位最有力的竞争者，而真金要想平安就位就必须得到其它宗王的支持……