本省军马。行省平章一般以蒙古人充任，间或择用色目人，汉人不得任职。
行省内的镇守军万户府、元帅府等，都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区，设立宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县。行省有政令则布于下，郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府。
宣慰司都元帅府下一般设有固定军府，掌管部分军队。各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田，也要由行省官员和枢密院协商确定。当某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队镇压，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事颇繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。
黄河以南地区，蒙元元以宋境为新拓疆域，江南又系当时经济中心，统军大帅伯颜等人审地理之宜，据军事布防需要，拟定了六十三处屯兵所。然后由此分兵，四出镇守。至元二十二年，元廷将江淮、江西两行省所辖三十七个万户厘分为上中下三等，分地驻守，而杭州就占据了四个万户所。
当然这四个万户所并非都驻扎在杭州，赵昺以为杭州万户府就像现代的大军区司令部，统管江浙行省的所有驻军，而军区总部驻地就在杭州。按照蒙元府设万户，州设千户，县设百户的驻兵原则，其所属的各个万户所则也分驻各地镇守。
所以杭州万户府属下的颍州万户所屯驻在庐州路无为军，真定万户所屯驻集宁路江宁府，益都万户所屯驻浙东路的平江，水军则在江宁府龙湾训练。镇守杭州的实际上只有上都万户所，另外便是益都万户的部分人员，主要是其所属的家属，负责为本万户提供辎重和衣甲等后勤供应。此外就是驻扎在刘家港的海道运粮万户，他们也兼有维护沿岸治安的职责。
赵昺的计划就是要将分散于四处的蒙元四个万户集中兵力逐个歼灭，以避免他们聚于一处相互策应形成对峙，同时也要避免他们据城固守形成旷日持久的攻防战。这就要求调动敌军出城，跳入自己的埋伏圈，而让敌军离开驻地也要有足够份量的诱饵。此次赵昺在誓师出兵之前动身一是为隐藏战略意图，达到突袭之效；二是为了护卫帝陵，避免被大范围的盗掘；三是充当诱饵，调动临安的敌军出城，将其聚歼于绍兴陵区。
此次赵昺率领的军队以御前护军为主力，当下护军几经扩充后编成了一个亲卫旅和一个侍卫营，他们主要充当宫城的守卫和出行护卫；另外还有三个步兵旅和一个骑兵旅及一个炮团；此外还编有一支近卫水军，装备大小战船百艘，拥有兵力近三万人。
这次出征，赵昺留下亲卫旅守卫府城，余者全部随军出征。而负责掩护和输送的为董义成率领的第一舰队，他在完成护送任务后，将前往执行夺取刘家港，控制运河的任务，抢先把敌水上力量予以歼灭，控制杭州沿海水域，为后续部队的水上机动创造条件。
所以说赵昺此次孤军深入腹地承担的将是最为艰巨的任务，他不仅要将驻防杭州的最为精锐的上都万户所牢牢的吸引到绍兴，还要调动驻扎在无为军的颍州万户。当下在兵力上他们虽略占优势，可是要知道这是在敌占区，敌军可以调集一切力量对他们进行围攻，而他只能坚持到各军完成各自的任务才有机会发起反击。但是一旦有一路没有按时完成任务，他就将承担更大的压力。
当时众将和几位宰执都要承担这项任务，但是都被赵昺拒绝了，一个是他们份量不够，元军不会为了区区几座皇陵而放弃临安前来的；二者这毕竟是自己的‘祖宗’，当然要又自己这个不肖子孙亲自收敛遗骨。否则也不必带着现任和前任两位礼部尚书协助自己这个小白了……
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