赵昺知道蒙元的远征军看似毁于风暴，而他从一个船舶工程师的角度看，其实应该说是毁于船只自身的问题。忽必烈下令动员攻击日本，只给了一年的准备时间。在短短的一年时间里，要造出四千多只船来，对于当时还没有形成大规模生产技术的古代工匠来说，造船技术再高明，也没有实现目标的可能。
为了达成数目，只好粗制滥造，甚至滥竽充数。粗制滥造，就是为了进度而牺牲精度，主要是主船桅的安装位子不准确，固定不牢靠的致命缺陷。这样的船，天生的不平衡，只要有点风浪，就会不停地摇晃。滥竽充数就是把内河用的船拿来充数，平底的河船在海里经不住海浪，很容易翻船。
自襄阳之战到崖山之战，元军捕获南宋战船达六千艘以上，另外从投降的南宋水军处，元军也接管了许多战船。即使其中有许多战船破损、沉没，但截至第二次远征日本时，从南宋捕获、接管的战船数量仍很大。当时南宋水军的主要战斗在内河与近海，南宋水师熟悉河战却不解海战，因而收编南宋水军装备的大都是平底船。
这种船大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。其船在结构上便于分舱，有利于军队在航行途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，导致了船舶整体的横向强度的削弱。内河由于水平浪缓，这种船能很好的胜任，但在茫茫大海上，这种船便不那么坚固了。
另外高丽军出征所用的战船全部是自造，而高丽国小贫苦，要承担建造九百余艘战船的任务，这对于他们来说是极为沉重的负担。加上工期紧，造船的时候当然就免不了偷工减料的赶工期，据说甚至将报废的旧船修修补补也拿来充数，这些船的质量可想而知。
所以此次征日中大型运输船、中型战船中，还多少是作为远洋船新建的战船、从海上势力收缴的船舶、从民间收缴的商船、从原南宋海军接管的海船等，尚能用于远海作战。但小型战船、登陆用舟艇则从宋水军接管的吃水浅、抗风能力较弱的内河船，且数目庞大，达到三千余艘。当飓风袭来时，这种吃水不深，不具备破浪能力的战船似乎也只有倾覆这一种结局。这恐怕是导致集结于鹰岛的江南军大型船队，一夜之间竟全军覆没，使用很可能是其根本原因之一。
当然在战略、战术上忽必烈也不无失误，首先选范文虎为将就是个败笔，这小子是本是南宋殿前都指挥使，襄樊守将吕文德的女婿，先是在救援襄阳战役中畏敌不前，“轻舟先遁”；后在防守城坚粮足的安庆时，元将伯颜来攻，范文虎立刻举城投降，摇身一变，成了元朝的两浙大都督、征东行省右丞。靠着裙带关系爬上高位的，胆小拍死战无一胜的草包，偏偏不知道就怎么入了他的法眼。
还有忽必烈对面临的困难估计不足，按说若论吃苦耐劳，当时的蒙古战士无人可敌，必要时他们可以靠吃生马肉，喝马血维持生命。蒙古人作战时机动性第一，一般只带很少的给养，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区的平民解决。可这次战争中蒙古人偏偏无法发挥自己的特长，他们一直未能突入内地居民区，自不可能有平民供他们掠夺，以致江南军晚到十来天，先到的西路军就将要断粮了。
另外忽必烈太过轻敌，他并没有吸取上次失败的教训，以为自己这次遣兵二十万可以一战而下，志在必得的元军战船里，甚至装载了大批农具和种子，以解决大量的宋朝降军这个棘手问题，因为养，养不起。遣散吧，又害怕这十几万军队闹事。征服日本，将这大批南宋降军驻屯日本，既解决了降军问题，顺便还可以借助驻屯军和移民把日本变成元帝国的一部分。
当然还
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