此外，宋军的指挥和协调系统紊乱，几无章法。按照军事指挥系统的程序，身为皇帝的赵昺只要将命令下达给枢密院即可，但他却不得不越级指挥，一些大的战斗，他不但要提前亲自谋划，发起战斗时还得亲自指挥，不仅越级指挥到各军，甚至直接指令到营一级，特殊情况下自己还得亲自披挂上阵。
正是由于赵昺事无巨细亲自过问，各部队主官皆不敢自作主张，或为了卸责，遇事均请示执行。结果是各级军官即不敢违背，亦乐于奉行，导致前方将领欠缺自主作战意识和机动应变能力。自己也落了个用兵如神，英明勇武的美名。但是他知道这是极不正常的，现在地狭兵少自己尚可顾及到，但是以后呢？
赵昺十分清楚当前的局势，在自己连番取得水战的胜利，征北军又扫荡两广后，在忽必烈对安南和日本用兵的情况下，元军不会再轻易对琼州用兵，而会采取守势。这样就出现了一个难得的空白期，他就要利用这段时间完成军队的转型，将积极防御型的宋军打造成一支攻击型的军队。
但是虽都知道古今中外任何一支有力量的军队，都不能不教而战；凡是有才干的军事家都懂得治军先治校，首先要培养、训练军事干部和人才。而这次兵部的一项重要任务就是要建立军校培养军官，为宋军的战略转型打下基础，达到增强战斗力的目的。
赵昺的计划是利用两年的时间对宋军的基层军官完成轮训，提高其战术指挥能力；中、高级军官完成战役组织和指挥及合成作战的培训；而对普通军兵要进行爱国忠君和军纪的教育同时，还有完成军种的基本训练，熟练掌握自己所属兵种的武器，并加强与其它兵种的协同训练。
然后再利用一年的时间有计划的对部分军队进行扩编和换装，打造起数支完全使用热兵器作战的军团，然后开始进行局部反攻，展开以歼灭敌有生力量的一系列小型战役，取得实战经验；两年后完成所有主力军的换装，并展开各军种的协同训练，大军团的战役演练。伺机展开大反攻，全面发起复国之战……
应节严听着小皇帝侃侃而谈，忽然觉得自己不是其师傅了，而是陛下的学生。其思路十分清晰，军改的目的也极其明确，提出的方案也具有可操作性。而其中又多有自己从未听说过的新颖的词汇及独特的见解，设置的部门也是极具针对性，使人有耳目一新的感觉，显然是费了番心思的。
再看看小皇帝的书案上摆放新军训练营的模型，边上堆着新军组建和培训方案。而应节严仅从新军军营模型分布图上便可以看出其‘野心’不小，这片营地不仅面积广大，且功能齐全，分有生活区、教学区和训练区。仅演武场就有大小三个，涵盖了步、骑、辎重、炮四个军种所有专业，且配备了专用训练区，营外还设有枪、炮靶场。
说是军营，但应节严是老司机了，一眼就看穿了小皇帝的阴谋，这分明是一所其口中长长念叨的武学。陛下这是在开办武学受阻的情况下，以办新军为名绕过了来自朝廷，准备自己单干。培养新型军事人才，以这些天子门生趁换装之际取代现在各军的中、下层军官，进而打破军中林立的山头，将军权牢牢的掌握在自己手里。
应节严细想之下觉得这孩子心机真是深不可测，像个高明的棋手不动声色的落子，看似平淡无奇，其实每一步棋都是经过谋算的，布下了惊天之局。但他还是隐隐有些担心，小皇帝必定年纪尚小，难免心高气傲，觉得一切都在自己的算计中。可做事哪里有一帆风顺的，一旦实施受阻或是不顺利就将会打击其积极性，挫败其锐气，自己定要助陛下促成此事，哪怕得罪士林……