，营有指挥；五营即组编为一个军，军有都指挥使或都虞候，或直接称军主；十个军编为一厢，厢有都指挥使，或直接称厢主；左、右两厢编成一个战略方向的总兵力，一般大约为五万人上下，由皇帝派出的节度使统帅。
后周的制度被宋朝全盘沿用，宋军五百人为标准的营，一般直接称“指挥”，作为为基本单位，统计兵力都计算有多少指挥，调动组编也以指挥为单位，一般并不拆散。营下的为百人的都，有都头；都以下的编制是什伍之制，有军头、十将等士官的名目。蕃兵其编制因族而异，或按部族、性、族，或按族、标、队，至神宗时才统一采用指挥、都的编制。所以宋军的编制分为军、指挥、都三级。
后来又有变动，有了‘将’的编制，可还分大、小，兵员数目在八千到一万。南渡后更乱，编制也跟李云龙的独立团似的连都有大有小。如韩世忠为前护军，以楚州为中心组织防御，下辖十一个统制、十三个统领，有六十三将编制，约八万兵马；刘光世为左护军，下辖十军，防御淮北方向，约有五万多兵马；张俊为中护军，有十一个军、九十九将编制，以建康为中心展开，兵力约为八万人；岳飞为后护军以鄂州为中心组织防御，辖十二个军。
到现在赵昺都十分庆幸，当初自己组建帅府军的时候只有几千人，自己充其量只相当于现代的一个乙种师的师长，好歹还能摆弄清楚，若是真一下子给他几万人，别看他是个理科生也弄不明白了。以后也是采用的笨办法，反正我预设的编制就这么多，兵多了也养不起，够五百人就编成一个营，然后再逐步在原有的五个营的基础上扩大编制，从统领，编成统制，再编成都统制，就这么糊弄到琼州。
而到了崖州之后，赵昺很是懵了一段时间，由于行朝的各部来援庞杂，又收拢了各路败军，禁军、厢军、义勇让他傻傻弄不清楚。顶着殿前禁军番号的禁军实际在几万人，少的时候只有两万人；淮军鼎盛时期几十万兵将，但张世杰手里也就数千人而已；还有几十人就号称一个指挥的，也有数千义勇编成一个指挥的。
反正就是一笔糊涂账，说到哪支军队，赵昺都得好好想想，他们有多少人，有多少统制、统领。待迁琼后，他立即就对各部按照自己的笨办法进行了改编，人多的裁撤，人少的补充。但是这个编制结构仍不合理，营以下还好说，伙、队、都编制齐全。
然后一下子就跳到了‘将’一级，由一个统领管理，中间层间隔太大，这在管理上十分不便，战时也暴露出不小的缺陷。在这次琼州保卫战中，其实是最高军事长官张世杰在指挥，而作为都统制的赵孟锦不得不下放到某一个方面去直接指挥，统领更是直接指挥到营，甚至越级到都，关键时刻还要脱离指挥位置到前沿，使指挥体系极度混乱。当然造成这种乱象，赵昺也功不可没，他一个皇帝都直接对敌，底下的人敢不奋勇啊！
水军在指挥体系上虽然没有步军这样混乱，但是编制上也并不完美。当然这也与赵昺脱离不了干系，一个是因为他对古时水战的形式还缺乏直观的了解；二是对战船人员构成也处于茫然不知的状态，只是凭着自己的直觉和刘洙等水军将领的建议分配水手；三是作为水军最高指挥官此前也只是一个寨头，管理着大小十几艘战船，同样缺乏大编队作战的经验。
这就导致三个水寨的设置都是眉毛、胡子一把抓，大小战船都是按功能配置，却没有按照不同的战斗任务实行管理。往往每逢大战都是全军无论大小船只倾巢而出，导致战斗打响后有的人在看热闹，有的人却是忙得脚不沾地，造成兵力的浪费不说，也造成资源的浪费……