人员的调配，及都作院、军牧场、军医院和军法院。但是仍然没有实际的军事指挥权。
兵部的职能发生了变化，因而除隶属于尚书省管理外，还直属皇帝双重领导。兵部仍由尚书领导，但是与主管军令的枢密院级别相差两级，难以体现平行管理，于是赵昺将兵部尚书的品级由从二品提高到二品。兵部原有四司：兵部司、职方司、驾部司、库部司，分别执掌兵部事务。后赵昺又将分属工部和枢密院所管的有关军事的驾部、车部、库部、都作院等曹监皆归兵部所辖，已经为此打下了基础。
赵昺这次要对兵部做出重大的调整，通过增减将无关的曹司调整出兵部，而有些要调整到兵部管辖。过去的兵部司相当于办公厅，负责协助主官工作，过去只有一个郎中充任而已。这次要予以增权扩充，将此前由吏部掌管的军官升迁、磨勘、变动、资任和考课转由兵部司管理，有关军人的征募、兵籍和管理全部由兵部承担，这就相当于现代的总政了。
职方司的职责是掌受诸州所贡图经和总诸州图，绘制全国总地图，以周知天下山川险要。后又加掌州县废复、四夷归附分属诸州及全国地图与分路、分州地图，以周知全国版图及城池、堡寨、烽候之数，也就相当于总参测绘总局，赵昺将此司调整出兵部，归于枢密院。
库部司原有职责是掌军器、仪仗、卤簿、随军、防城什物及供帐之事，也就是皇帝出行时当跟班，充当仪仗队和辎重队。驾部司同样是干的原来太仆寺的活儿，赵昺以为让兵部管理这两司纯粹是给闲的没事干的兵部找点儿活儿，于是将库部司和驾部司全划归礼部管理，坐实兵部管理兵事的职责。
在剔除不必要的司局后，赵昺预备在兵部设立步军司、水军司、骑军司和炮军司和兵部司、辎重司、兵役司共七个主要部门。将处于从属地位的水军提高到军种地位，而现在火器使用还处于初级阶段，可以说仍未脱离冷兵器阶段，为了尽快推广火器的使用和提高训练水平，他觉得有必要将其从兵种提高到军种的地位。
步、水、骑、炮各司的主要职责是分管所属军种的管理和训练，制定军种操典和训练计划、考核标准；兵部司主管军队的人事、组织工作，制定相关律例、惩处违法、违纪军兵；辎重司则主管军工生产，粮秣、甲仗、军马的调集和分配，军医院和驿站的管理；兵役司则是主管兵丁的征募和新兵训练，及退役军兵的安置、伤亡兵丁的抚恤。
在官员设置上，赵昺仍以兵部尚书为首官，设左、右侍郎协助主官分管七司，并根据情况在司下设房、案等下属机构，任命相应的官员。尚书不用问仍是士人担任，但是主管军种各司则由有军职者担任，而主管侍郎也必须是军将出身，其它事关后勤的三司则根据情况由士人或是武人担任。
对枢密院的改制其实最让赵昺头疼，这个部门长久以来在朝中占据着重要的地位。其与中书省有东、西二府之称，“掌兵籍，虎符”，若得皇帝的批准，有调动兵马之权。枢密使的地位略低于宰相，与参知政事、门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞等统称为“执政官”。而宋代的枢密使地位抬得这么高，权力这么大，其原因是与当时国内外的阶级矛盾、政治形势有关。
宋时阶级矛盾一开始就相当尖锐。北宋初年就发生了王小波、李顺起义。在边境，又有契丹、西夏等少数民族政权的并立，形成边防的紧迫局势。内忧外患使得宋王朝需要一支相当庞大的军队，方能抵抗少数民族的入侵和镇压国内人民的反抗，因而，就需要一个强有力的机构来管理这支军队，这就是宋代设立枢密院的原因……