城池刚刚收复，蒲寿庚等贼首还未受缚，残兵没有肃清为由拒绝让皇帝涉险，一力要求他留在船上。赵昺无奈只能放弃进城看看的打算，让张世杰率中军入城继续攻打蒲府，围捕散兵游勇。另让文天祥入城主持政事，安抚百姓，清查叛逆，联络城中名士，而他只能留守城外指挥众军对付来援的敌兵。
“陛下，还有什么吩咐！”泉州城一战而下，众人都十分高兴，文天祥也准备入城，向陛下辞行道。
“文相，你应指此次攻打泉州所为何事吧！”赵昺想了想问道。
“陛下，臣知道，此战一为报蒲寿庚叛国，勾结鞑子屠戮城中宗子之仇；二是为解决朝中财政困难，筹措军资！”文天祥答道。
“嗯，对于大小降官、叛将绝不可心生同情，定要严惩，胁从也要从严论处，绝不能手软，否则不足以震慑那些降臣叛将，对不起屈死的数千宗子。”赵昺知道这些士人们自己窝里斗是不惜你死我活，至对手于死地而后快。但是对那些外敌往往讲究怀柔，要宽大为怀，以显示大国风范仁义之心。虽然文天祥曾领兵奋战，做事也果断狠辣，但其终归是读书人，骨子中早就浸透了士人的精神，所以不得不叮嘱他几句。
“是，陛下，臣明白！”文天祥躬身领旨。
“好，对于城中的商贾凡是参与泉州事变者也不可放过，为首者处死，逆产充公，家眷流放，这同样适用于那些蕃商。而对于被迫协从者，也要抄没其财，但可以留其性命，举家流放琼州；至于那些只为钱财而无恶迹的奸商，则不必深究，只要罚没些财物饷军就好。”赵昺又吩咐道，他得给文天祥定下规矩，不能让其乱来，也不能束手束脚，以免白来一趟。
“臣领旨！”文天祥想想也没什么不妥，应旨道。
“蔡知府和高主理曾在广州主持惩处叛逆，清理逆产，便请他们二位协助
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