行生性多疑，无端参劾总督，造成督抚互劾，江南大哗，照律应予革职。”
这道奏折刚刚递上，就传遍了江宁，邬思道江南士子为之激愤。张伯行心如火焚，他决心拼着发配充军，也要替江南百姓说几句话。
康熙几乎同时接到了四道有关科场案的奏折，第一道是张鹏翮、赫寿的结案折，请将张伯行革职。
第二道是安徽巡抚梁世勋，回复调查证人陈天立死因的结果，折中说江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，几乎都是噶礼的亲信，消息封闭甚紧，难以确定究系自杀还是灭口。
第三道是苏州织造李煦的密札，报说张鹏翮二人已经动身前往福建，但扬州民心未定，纷纷议论卖举人的情弊不曾全然明白。第四道就是张伯行措词激烈的本章。
康熙决定将张鹏翮的奏折留下，另外再派穆和伦、工部尚书张廷枢为钦差，重新审理此案。新任钦差穆和伦与张廷枢，到扬州后什么也没干，一头就扎进了案卷中。这两个人很清楚，如果认真察理实情，不但要得罪噶礼，还要得罪两位前任钦差。如果草草了结此案，江南民怨不能平息，皇帝也不会答应。
商量来商量去，觉得只有想法补上原卷的破绽，然后公开审讯一批人犯，才能维持住原判，实际上也就是保住了张鹏翮的面子。审案结果，主考官左必蕃纵容舞弊，被革职查办；副主考官赵晋、阅卷官王曰俞、方名受贿被判斩立决；程光奎、吴泌等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责。总督噶礼与舞弊案无关，但审理不力受到切责，巡抚张伯行诬劾朝廷重臣，以革职处分。
康熙不久又接到了张伯行的最后一道奏折：“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。”康熙于是亲自手书了一道文书，下令把此案的全部案卷、奏章调来，由自己御览后定夺。
干清宫的烛光又整整亮了三个通宵，康熙把所有人犯、佐证的口供详细看过后，很快发现了问题，泾县知县陈天立是在重镣监禁下自缢身亡的，但既无仵作的验尸佐证，又没有狱吏的详细报告，死因显然不明。
李幕是活着的唯一一个重要证人，却又于半年前充军新疆了。其余口供，虽然大体一致，但仔细分析却有若干不能自圆其说之处
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