一品大员，用刑宜慎”为由，主张免何桂清一死。特别是主持审理此事的祁寯藻，坚持认为何桂清罪不至死。他甚至针对主张杀何桂清的一派人说：“国人皆曰可杀，臣亦国人，未敢谓其可杀。”但何桂清的政敌、此时因对太平天军作战连连得手而越来越走红的曾国藩，却坚持主张杀何桂清以谢国人。他说：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀之有无为权衡。”
桂清统领十万清军竟弃城潜逃，导致常州、常熟、苏州皆失守，咸丰下诏革职逮捕送北京审讯。凑巧遇英法联军，咸丰帝避难热河，何案搁置两年。期间王有龄及江苏巡抚薛焕等相继上疏乞恩，不准。
同治元年言官纷纷弹劾，恭亲王与租界交涉，正式逮捕下狱，拟斩监候。秋审处总办、直隶司郎中余光倬，将其由封疆大吏失守城池应处之“斩监候”加上罪名“击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当加重”而改拟“斩立决”。刑部尚书赵光，因与帮办江南军务的许乃钊有交情，了解桂清失陷苏常殃民细节，覆奏：“不杀何桂清，何以谢江南百万战难生灵？”慈禧太后降旨命大学士六部九卿翰詹科道会议。大理寺卿李棠阶认为桂清为两江总督，骄横颟顸，治军无方，克扣军饷导致将士哗变、全军覆没，弃城而逃又嫁祸他人，其罪不容诛。会议结果如刑部议，而太后另有旨：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不
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