杨凡发现了上一个纪元的三皇陵墓，并且找到了水灵珠和土灵珠，原来五行灵珠就是上一个纪元的天皇的至宝，天皇珠！
而无字天书其实就是地皇至宝，地皇书，在三皇陵墓里，杨凡还找到了人皇至宝：人皇笔！
原来上一个纪元之所以毁灭，就是遭遇天人五衰，末日的时候，三皇并没有团结，反而相互斗争，终于三样至宝没有合一，所以天地被毁灭，重新开启新的纪元！
这天皇珠是启动地皇书的钥匙，杨凡将天皇珠镶入地皇书之后，才发现原来镶嵌了天皇珠的无字天书，才能够发挥天下之间的最强力量：大预言术！
到底什么是神！
在典籍里的记载是这样说的：神说，要有光，于是世上就有了光……
也就是说真正的神，只要一个念头，就是改变任何事物，甚至改变世界。
但是其实这一切不是用说的，而是用写！
所谓大预言术并没有那么神奇，靠的就是镶嵌了天皇珠之后的地皇书，而书写的工具自然就是另外一样至宝，人皇笔！
三皇至宝合一，就能够发挥最强的力量！
而这时这一个纪元也走到了尽头，天人五衰再一次来临，原来天人五衰的来临会伴随着这个世界的任何修炼者，包括是所谓的神级都无法发挥一成的力量，所以最多也就是自保勉强度过，直达下一个纪元而已。
如果像三皇一样相互斗争的话，恐怕还无法熬得过去！
而去到地球的雷神，玄武真祖和大日如来尊者却一直没有忘记报仇，他们等待着天人五衰的来临，而杨凡正是玄武真祖埋下的棋子，因为只有杨凡存在这个世界，他们才可以自由进入这个世界。
而让玄武真祖万万没想到的是杨凡居然找到了三皇至宝，就在他们进入神光道场想要杀死灵神侯赛因的时候，杨凡在天人五衰结束之前，在地皇书上面是这么书写的！
“天空之城在瞬间坍塌，神界之门永远关闭，灵路不再存在，世间全然忘却一切，从头再来，除我之外不再拥有其他的神！”
于是四位神级被永远困在神界之中，杨凡让众生安然渡过了天人五衰，然后他抹灭掉了众生关于神的任何念头，但是为了方便灵神殿继续保留，但是灵神的雕像却变成了杨凡。
杨凡成了新的灵神，因为神界之门的关闭，这个世界将不再有神级出现了，所以杨凡成为唯一的神！
这便是灵神无双的全部故事！