护航，结果很快的就被南云派出的零式战斗机击退。
南云终于接到了侦察机传来的报告，美军舰队里确实有航母的存在，南云下令各舰停止装炸弹，飞机再次送回机库重新改装鱼雷，日本航空母舰的甲板上一片混乱，为了争取时间，刚从飞机上卸下的炸弹，都堆放在甲板上。
空袭中途岛的第一攻击波机群返航飞抵日本舰队的上空，还有那些保护航空母舰的战斗机也需要降落加油。
南云处于进退维谷的境地，第二航空母舰战队司令山口海军少将向南云建议立即命令攻击部队起飞。
第二批突击飞机换装鱼雷还没有完成，如果马上发动进攻，也没有战斗机护航，而且舰上的跑道被起飞的飞机占用，那么油箱空空的第一攻击波机群会掉进海里；
南云决定把攻击时间推迟，首先收回空袭中途岛和拦截美军轰炸机的飞机，然后重新组织部队以进攻美军特混舰队。
南云忠一是一个老海军，照理说指挥这样的战斗不会出现这种凌乱不堪的情况；
如果他选择让甲板上的飞机离开进攻中途岛，换上回航的飞机挂装鱼雷进攻米军的联合舰队，那正常的结局就该是两败俱伤，可惜规则便是他
该倒霉，聪明一世的南云忠一却在此时糊涂了一会。
如果说按照正常的历史衍生，日军将会在这一个个不应该出现的叉子中最终被打得一片混乱，最终损失惨重；
不过这次多出了九艘不该出现在战场上的潜艇，让故事从米军弗莱彻少将率领的第十七特遣舰队的约克镇号航空母舰上起飞了三十五架战机后开始变形。
米军的战舰足足有百多艘就在相距只有数十海里范围内布置着阵型，他们原本准备以突袭日军航母之后，让巨型战列舰和大型战列舰带着老式战列舰和重巡出击；
在周围他们依旧严防着日军的潜艇偷袭，这也是珍珠港战役中企业号等战舰遭受埋伏后米军做的防御准备。