严鸿在扬州待下去，每天倒也没有闲着，召集文武，安抚地方，同时令云初起等以钦差随行武官身份，参与对卫所兵的整顿，把个直东各处郡县的兵备，整顿得是井井有条。~~~~原先一盘散沙的扬州卫所兵和灶勇队伍，在云初起的督导分派下，竟赫然有了几分军容。当然，撒点银子來犒赏下大兵们自不必少。这对严鸿来说却是毫无难度。别的不说，从张永富孝敬的银子中漏出万把两来，就够那些大头兵high上天了。
这当儿，东西两处的消息也都传来。西边一路，闹事的包括南京振武营及部分卫所兵，总共有两万余人。那南京振武营本是嘉靖三十四年（1555）为了抗倭而建立的，按照旧制折合军粮，有妻者一石，无妻者减十之四即为六升，后来又改成直接发折合银子。可是等到去年严鸿把倭寇杀得大败之后，江南文官以倭寇既灭，那么军费开支应该加以节俭。可是胡宗宪要编练新军，这边的开销简直是不减反增的节奏，因此南京诸军的军饷就有些吃紧了。到了今年里，南京户部尚书马坤就把折合的银子给剪了下去。再加上南京的户部右侍郎黄懋官又是个生性刻板认真的主儿，对于南京各卫军士吃空饷的事情相当反感，每个月都要严厉清查逃亡空饷的事，这样就使得南京振武营等军士的火气越来越大。到了七月初一里，也不知道怎么回事，忽然大家就爆发了哗变。围攻户部右侍郎黄懋官的住宅。把黄侍郎砍死。还把衣服剥光了，尸体扔在大路上。
居正以钦差正使到达南京之后，得知南京城池尚且守得严实，乱兵主要在城郊作乱，便与兵备使王崇古合力，调集周边兵马，首先断绝了南京地区周围的主要道路、要隘，又派遣长江水师封锁码头。使得乱兵的动荡不能进一步扩展。接着，张居正先派人传唤乱兵中的代表，询问他们的要求，得知振武营和卫所兵的借口是，今年里户部克扣了军饷，使得他们生活艰难。张居正当即宣布，钦差在此，正是要纠察江南百官，设若真有人克扣军饷，王命旗牌在此。定当严惩不贷。但同时，作为军人哗变造反也是不可的。速速各自回归营寨内。朝廷既往不咎。同时，命令户部先发一部分粮食给士兵。
但这时候乱兵中的一些为首煽动者则提出要求，要朝廷赦免全部参加人员。张居正表示，对于绝大部分被诱骗裹挟的士卒，只要及时幡然悔悟，不再参加变乱，朝廷肯定不会追究。但对其中为首的分子，则要查清罪恶，予以对应处置。若是想避免官法，唯有速速自首，祈求宽免。同时，张居正拿出查账的劲头，对近一年来的军饷下发账目进行严厉清查，发现了几个确有侵吞嫌疑，按律当斩的小吏，就在南京城里斩首示众。这样软硬兼施，乱兵的声势也就下去不少。这时候，各地的精锐援军也到了，张居正便大模大样，将哗变的士兵各自驱赶回营，又逮捕了几十个为首的。问题得到圆满解决。
另一方面，在浙江地区，果然再次发生了倭寇大举入侵的事情。有所不同的是，这一回来的却是真倭为主，人数虽然只有几千，但战斗力相当强。所幸胡宗宪这边，自从去年里阵斩辛五郎，擒杀陈东、叶麻，又招安汪直之后，这一年来并没有马放南山，反而抽出款项来，打造战船，购置枪炮，加强浙兵为代表的营兵。先前听说南京兵变，扬州变乱后，又得到严鸿通知，只抽调部分兵马前去各处巡行弹压，防范可能的骚乱，却把主力依然在浙江各地严阵以待。而倭寇竟然大模大样，直扑杭州湾，妄图登陆烧杀。绍兴附近，也有些本地的汉奸、匪徒内应。结果上虞一战，戚继光的戚家军大展神威，一战歼灭真倭三千余人，其中斩首八百，还生擒了数十人。从生擒的人审问结果
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