另一项重大改变是，直隶各地的地方官员不再有司法权，大理寺将派出分支机构到各州县，直接受理百姓诉状，又派出流动法庭，接受百姓上诉。
而在以前，百姓的诉讼事务都是刑部处理的，大理寺只负责重大案件审理，比如皇室内部的案件，以及朝廷官员违法的案件，一些比较重大的，还要和刑部、都察院联合审理。
现在大理寺直接受理民间诉讼，受到冲击最大的是刑部。可在朱由校明确态度，刑部以后将过渡为治安机构，大理寺将独立行使司法权之后，黄克赞还是表示了同意。
只不过，为了安抚黄克赞，朱由校还是做出了让步，明确提出锦衣卫将进行改组，和东厂分掌对外、对内情报，厂卫以后抓人，必须经过大理寺审理后定案。去掉了悬在百官头上的利剑，才取得大臣们支持，将司法权完完整整的划给大理寺。
当然，这些都是朱由校的构想，六部和大理寺的分支机构还没有派出，顺天府的改革也没有开始进行。朱由校估摸着，把这些改革贯彻下去，再理顺方案，至少要一个多月。
可是，这并不影响他让左光斗担起自己的责任。
“朕也可以让厂卫插手，可事关百姓，他们的手段却太过激烈了，不太好。”朱由校用‘我很看重你’的目光注视着左光斗，将事情全部推给了顺天府，“还是你先把事情关起来，该打得打，该罚的罚，要是发现有人暗中使坏，故意造谣生事，再让东厂接手。”
左光斗急忙点头，“陛下仁慈，微臣这就去办。”说罢，就告退离去。
左光斗走了，朱由校却默默自己的鼻子，“我就那么急色吗？看到一个女人就在无人处动手动脚？”这是流言中的一个版本，说的是朱由校调戏良家妇女被人撞破的桥段。
虽然生气流言把自己说的如何不堪，可朱由校见惯了后世报纸上的真真假假的传闻，并没有把传播流言者怎么样的意思。
可这样肆意造谣诽谤君父的事情并不好，朱由校也不愿意姑息。