将新一师的一干官职分配到位，朱由校还有一件重要的事情要做，那就是授旗。
这时候的军队也十分重视旗帜的作用，除了表明国号的军旗外，还设有主将用的三军司命旗，识别将领身份带有姓氏军职的认旗等等。不过，这些军旗中缺少各部单独的军团旗帜，士兵们只能用标有将领姓氏的认旗来区分从属，无形中就变成了将领的私军。
反倒是建虏，在刚刚建军的时候就分别成立了黄白红黑四旗，分别用旗帜颜色区分，后来更是改成正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红和镶蓝八旗。虽说还是带有封建性质，却多了对自己所在团体的从属感。
至于授旗仪式，更是没有这么一说。往往是朝廷颁下印玺，将领自己按照需要制作旗帜，也造成一支军队里旗号大小不一，令人耻笑。
现在，朱由校想要加强对军队的控制，就想到授予各部队单独的军旗，这是他在日本联队旗中得到的灵感，为的是加强军队内部的凝聚力。
在孙承宗的帮助下，授旗的方案很快就制定好了。授旗的级别为营级以上，他们将会被授予标有统一番号的旗帜。旗帜根据级别不同，大小形制也有所差别。
至于营级以下，将不再统一番号，他们的称呼将是某营某哨，或某哨某队。
方案一出，几乎所有的人都明白了朱由校的用心，很明显这是在防备军将，避免再出现军兵家丁化。要知道在番号统一后，再加上训练标准化和军官统一调配，各军已经有了随时打乱重新组合的可能性。
授旗仪式很快就举行了，在肃穆的气氛中，朱由校亲手把标有军队番号的旗帜授予各部队。为此，还特意邀请了沈阳城的所有官员观礼。
不过，在结束仪式后朱由校的情绪并不高，他还在为新军的人员不足而发愁。这在授旗仪式上就可以看出，很多哨队都是寥寥数人，即便是取消了总旗这个级别，也出现了官比
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