孙可望兵败身死，消息传到云南，云南各处州县司卫不战而降，当初西军进占云南的时候，云南当地的明军和大小土司纷纷臣服，现在孙可望既然战败，这些土司和文武官员都主动反正，重归隆武朝廷旗下，只有一些西军的老部队奋力突围，从滇北的丽江府撤往四川，去投奔西军三王中硕果仅存的李定国。
对于这些突围的西军，周国栋和刘体纯追杀了一阵，就任由他们撤往四川，主要精力还是放在追剿永王朱慈焕身上，永王朱慈焕被一些西军带着离开昆明，楚军一直穷追不舍，最后辗转逃到滇西的南甸宣抚司一带，托庇在当地土司的护佑下，暂时失去踪迹，周国栋知道他就藏在滇西，但是滇西地形复杂，土司的势力很大，一时不便用强，就在周围布下天罗地网，同时以怀柔政策招降当地的大小土司，以及前明的文武官员和士绅。
经过一番努力，周国栋孤身入城，终于劝降了大名鼎鼎的黔国公沐天波，两人结为异姓兄弟，传为一段佳话，沐天波归顺之后，起到了巨大的示范作用，那些仍在观望形势的大小土司和文武官员齐刷刷的投降，周国栋兵不血刃，很快控制了云南全境，看到大局已定，南甸宣抚司的土司献出永王朱慈焕，随即被周国栋以冒充先帝皇子的罪名，在永昌街头当众斩首。
为了维持隆武朝廷的合法性，周国栋明知永王朱慈焕是真正的皇子，还是指鹿为马，斩草除根。
消息传开，西军在贵州、四川等地的统治也土崩瓦解，各处州县司卫大面积的向楚军投降，谭啸、袁宗第等人合力围攻冯双礼，冯双礼连战连败，部队十去七八，残部也逃入四川投奔李定国。
李定国从湖北撤回四川，走的是三国时期夷陵之战刘备的行军路线，刘备当年打不过东吴的强大水师，只是走陆路出川进攻荆州，路途遥远，补给困难，在战略上本来就处于下风，以至有后来的惨败，千年之后这条路相对好走了一些，但也只是相对，李定国回到四川之后已然人困马乏，却接连收到昆明失守，孙可望兵败身亡，永王朱慈焕被杀等等一系列噩耗，眼看周国栋已经控制了云南全境，西军却士气低落到极点，这种情况下不敢贸然发起反攻，只好停在四川，分兵严守重庆和川南各处要隘，暂时割据一方。
与此同时，刚刚占领云南的周国栋，以及占领贵州的谭啸，都忙于消化大片的占领
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