成帝后来晋升他为北部尚书。
在此期间，慕容白曜严格依法办事，没有任何偏袒，文成帝非常赏识他。文成帝去世后，慕容白曜的生活发生了巨大变化，迁尚书右仆射，进爵南乡公，加安南将军。
文成帝死后，太后养伤，皇帝居丧，乙浑专权，慕容白曜一下子觉得失去了束缚，开始与乙浑狼狈为奸。虽然他对乙浑出了不少主意，但真正到乙浑想谋反时，他还是退缩了，称病在家不出。乙浑被诛，慕容白曜在家里寝食不安，不知道自己将会面对什么命运。在大多数人看来，冯太后必然会降诏诛其三族，以慑天下，连慕容白曜自己也是这种想法，惶恐不可终日。
冯太后考虑到慕容白曜是东宫官吏出身，不但太武帝拓跋焘生前喜欢他，连自己的丈夫文成帝拓跋濬也颇为赏识并信任慕容白曜。冯太后认为慕容白曜基本品质不错，至少在谋反的最后关头退却，并不是乙浑的死党。保全了慕容白曜，也可以算是保全了太武帝和文成帝的脸面，容易赢得朝中老臣的心。
再者，冯太后出于策略考虑，决定留下慕容白曜的性命。试想，连慕容白曜都没有身家性命之忧，那其他人都不用说了。因为这些曾经追随乙浑之人，论其罪责，都不能与慕容白曜相提并论。现在连慕容白曜都免死了，那其他人就都可以放心了，不杀慕容白曜可以起到稳定政局的作用。
五个月之后，冯太后开始按照既定方针处理乙浑党羽了。她仍然坚持施行仁政，稳字当头。对乙浑党羽，一定得分清是非，干过坏事的，一定得弄清楚；二是，不能让这些人轻易得便宜。如果有人在乙浑专权期间，通过贿赂乙浑而取得官位之人，虽然可以免了他们罪责，但必须削去官职，贬为庶民。追随乙浑的人中，如果依靠其祖荫而得朝廷封赐爵位的，尽皆由吏部免去其爵位，贬为庶民。在乙浑专权期间，虽
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