随行的大臣司徒崔浩是道教信徒，一向主张崇道抑佛，此时趁机进言，要求废除佛教，以防后患。刚愎粗悍的太武帝便轻率地作出了灭佛的决定，命令把寺庙尽行拆毁，佛像、经典一概焚烧，僧尼全部坑杀，造成了中国佛教史上空前的劫难。
由于同情佛教的太子晃缓宣废佛诏书，一部分僧人得以逃匿避难。昙曜就是因此而死里逃生的，他是一个信仰坚定、很有操守的僧人，在对僧徒迫害最厉害的日子里，尚贴身穿着法服，没有片刻离身。
也就在这个最艰难的时期，昙曜遇上了西域高僧石头陀。昙曜为石头陀佛学造诣折服，遂拜其为师，潜心研究佛法。
石头陀欲传昙曜雕石铸模之法，昙曜大为不解。昙曜道：“师令我学杂法，昙曜佛学根基尚浅，恐误修行。”
石头陀闭目不语，昙曜哀求再三，石头陀方言道：“昙曜，为师令你学习雕石铸模之法，自有道理。京城以西三十里处，有一武州塞。气候干燥，多断崖。崖壁皆为砂岩石，最适宜雕刻。为师不久将圆寂西归，弘扬佛法之事，当由你来传承。你习得雕石铸模之法，当于武州塞广开洞窟，于洞窟之中多刻佛像，以弘扬我佛大法！”
昙曜惊讶道：“师父，您常说学佛是为了出世之心，您今令我雕刻佛像，徒儿好生费解！诸佛菩萨，无生无相，师父却欲刻佛像，岂不令世人观佛像而入相乎？”
石头陀淡淡地道：“中土之人，初闻佛法，尚无根基。吾欲刻佛石像，非为迷世人也。昙曜，当今天子，灭佛扬道，佛典经籍多为毁之。即若有世人生佛心，欲学佛法，又有何处可学？故为师欲刻石佛像于世，不管世间沧桑变化，石佛像犹在，佛法不灭于世。”
“世人见佛像宝相庄严，而起敬佛之心；由敬佛之心而生学佛之意。佛法萌于心，始有悟法机会。为师这是欲令世人先入世而出世，此佛法精妙之义也！”
昙曜闻言，
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