他提议提高各州司马的地位，赋予其实权，使之成为名副其实的长吏助手，协助马上刺史治理地方。
此议以微弱优势通过，赞同者有张孝先、王弼、崔雍、刘夏、王喜和陈苏，六对六平，因为张孝先是秋护法王，在秋季拥有对不决之事的最后裁定权，此议最终通过。
州司马官阶比照刺史官阶而定，多数都在五品以上。《定国大典》规定五品以上官的任免必须经过内朝会，循例由所部（道）长官（大都督）联合吏部尚书提出任免建议，经表决后予以任免。但实际上因为张孝先有临时召开内朝会的特权，操作的空间非常之大，长史的任免实际是他一个人说了算。
三省六部和地方道州大局已定后，军队整编问题又成为各方关注的焦点，随着军政、军令权的上收，诸王不再统军，六军统军一职悬而不授，武将的地位被大幅降低，军中得授将军和监门将军的武将合计不超过二十人，且监门将军一职只限于新设的拱辰、羽林两支禁军，这样一算，原有六军中能官居从三品将军的每军尚摊不到两人，诸多老资格的军头纷纷转去地方任刺史，从而离开军队。这无形中给整军带来极大便利，
按照新的军制，左右佑圣、左右佐圣、左右神火六军，各设统军一人，悬而不授，设将军二人，设长史一人，监军官一人，判官二人，一判军供院，一判军法所，设巡官三人，参谋二人，参军四人。超过两万的军下辖左、右、前、后四厢和中军幕府，两万以下八千以上的只设左、右厢和中军幕府。低于八千的军不设厢，中军幕府改称中军营。
整编后左佑圣军额定两万五千人，实际两万一千人；右佑圣军额定二万二千人，实际一万五千人；左佐圣军额定一万八千人，实际一万四千人；右佐圣军额定一万七千人，实际八千四百人；左神火军额定一万五千人，实际一万一千人；右神火军额定一万人，实际六千人。六军合计七万五千四百人，距离规划中的十万雄兵还有不少差距。
六军主力屯于畿内道和江西道，其次是和、滁、舒三州，再次是浙东道和福建道，在湖南、黔州、岭南、鄂岳、淮东等地亦有零星驻扎。
新设的拱辰、羽林两支禁军，各设统军一人统帅全军，天圣宫内史兼领拱辰军统军，储圣宫内史兼领羽林军统军。统军以下设监门将军分领警卫、仪仗、清道、随扈等事。两军人数各三千。军下直接辖营。监门将军以下各官设置与六军相同。
除禁军和六军外，沿边各州由刺史兼团练使，训练团结兵，人数由三百至一千不等，团结兵粮饷由地方筹措，兵部派巡使每年春秋点视。团结兵州内调动由刺史决定，报大都督府长史处备案。跨州调动由刺史与大都督府长史联名报大都督决定，报兵部备案。原则上团结兵不出道，若确有需要时，则由大都督联合兵部报小朝会议决。
左神火军在整编之前有近两万人，奉李熙密令，一部脱队回到福建，余部整编为左右两厢，共计十个营和中军幕府卫队，张龙、赵虎留军，分任左右两厢都指挥使，新任将军谭世冲是张仃发的新岳父，原任常州司户。
作为交换条件，李熙推荐姚素去左佑圣军任将军。姚素原任袁州宜春县令，袁州城破时，其妻女被乱军所掠，被路过袁州的李熙救下，其女曾入李熙所设的群芳馆，辗转到圣京来，嫁给工部尚书李正之子李桦。
李正之女嫁陈苏为妻，十分得宠。李正原是江阴县尉，熟悉水利，一日巡查江堤被陈苏所掳，其女李然赴水师营救父，被陈苏相中，聘为正妻。
谭世冲和姚素名为将军，实为傀儡，两军实权仍在李熙和张仃发的手里。李熙、张仃发和陈苏联手抵制张孝先，使得三军虽然易帅，实权却还在。
其他三军却就没这么好运气了，毛耀的右佑圣军被张孝先彻彻底底改造成了他的张家军，这也罢了，本来毛耀能做统军也就是张孝先的扶持，右佑圣军在毛耀做统军的时候就唯张孝先马首是瞻，毛耀除亲兵卫队外基本谁也调不动，现在不过是换了统帅，控制的程度稍有加深罢了。
王喜惨败于黔州，丢城失地，论罪当废黜为“闲王”。所谓“闲王”即被剥夺参加内朝会的资格，只保留王爵和大都督名号闲居圣京。这是《定国大典》议定的对诸王的唯一惩戒措施，按所犯罪责的轻重，剥夺诸王在若干时间内参与政务的权力。
王弼以交出左佐圣军兵权为条件换取王喜留在内朝会，张孝先答应，派亲信葛培源接管了左佐圣军。
此后不久，张孝先又借骁骑营在武进县屠灭村庄、杀戮平民为由，将曹曛、曹谷推举的将军曹钥逼退，以新近投效他的王茂元为将军，对右佑圣军加以改造。
为了安抚曹氏兄弟，张孝先推荐曹钥为杭州刺史。
第二次内朝会上还做出了两个重要决定：任命王喜为征西大元帅，曹谷为征西副元帅，调集左右佐圣军一部和右神火军主力溯江而上攻占鄂岳。
任命李熙为江南宣抚使，前往歙州招降李德裕。
似乎为了让李熙走的安心，张孝先在内朝会上宣布毛诗章经过缜密调查，御史刘源玉弹奏的李熙与仇士良勾结一事查无实据，予以结案。
李熙大笑三声以示庆贺，第一个离开北极殿，时间不早了，得抓紧时间回去补个觉。