没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。仅武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。宣帝、元帝时，九卿称谓出现于诏书中。但《汉书》中所见的卿，有太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左向史、主爵都尉、太子太傅等十几种官。将九卿定为九种官职，则始于新，其制中以中二千石为卿。即以大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞为九卿，分属于三公。
东汉和新一样，中央政府中设有九卿的官职。《续汉书》将太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府定为九卿。九卿固定为九官后，和九卿相近的其他重要官员被排斥在九卿之外。东汉末到三国，有人就试图为这种不合理的现象辩护。刘熙《释名》否认汉有九卿之说，认为所置是十二卿；韦昭《辩释名》则认为九卿是指正卿，九卿之外尚有所谓外卿。
魏晋以后九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理；北魏改少府为太府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，己无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并。明、清遂改以吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，都御史，大理寺卿、通政司使为九卿，以前的九卿之官或有保留，但己成虚衔或加官、赠官。
三公是中国古代朝廷中最尊晏的三个官职的合称。周代己有此词，西汉今文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空。古文经学家则据《周礼》以为太傅、太师、太保为三公。秦不设三公。西汉初承秦制辅佐皇帝治国者主要是丞栩和御史大夫。另有最高军事长官太尉，但不常置。从武帝时起，因受经学影响，丞相、御史大夫和太尉也被称为三公。
汉武帝刘彻为了加强集权制而削弱了丞相的权力。昭帝时，霍光以大司马大将军的职位辅政，以后享权重臣如张安世、史高、王凤等人，都居大司马大将军之位。于是大司马权越丞相之上。成帝绥和元年（前8），采纳何武的建议，将御史大夫改为大司空，又把大司马、大司空的律禄提高到与丞根相等，确立起大司马、大司空和丞相鼎足而立的三公制。哀帝元寿二年（前1）改丞相名为大司徒，和今文经所说的三公名称完全一致。又将原有的太傅和新增的太师、太保置于三公之上，头衔高而无实权。西汉未虽是三公鼎立，但仍以大司马权力最大，如董贤、王莽均以此职而专擅朝政。新时，沿袭了西汉三公制。
东汉初仍设三公官。公元51年，改大司马为太尉，改大司徒、大司主为司徒、司空。三公各置秩为千石之长史一人，又各置掾属数十人。以太尉为例，下有分管诸事的西曹、东曹、户曹、奏曹、辞曹、贼曹、
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