将自己的中原根据地设在长安，之后与萧遥促膝而谈，二人反复推敲琢磨，终于商定了改革的内容。
首先设置左右丞相，左丞相为蒙古人，居正位，汉人为右丞相，从属于副。至于这汉人右丞相，忽必烈听从了萧遥的建议，决定重礼从长安城聘请闻名关中的鸿儒担任，而这左右丞相，则是主要负责管理漠南汉地的地方官员考核和任用，选拔与监察官员，总领国家大政方针的议定其次是国尉，基本由汉人出任，主要是在萧遥的建议下，建立汉族军队后设置。这支汉族军队有别于金朝和西夏灭亡后投靠蒙古的汉人世侯军阀，因其是完全从属于忽必烈自己的军队，主要管理麾下何人领兵，发兵的问题决定。
然后是御史大夫，由汉人出任，掌管蒙古缴获自金朝和西夏的文书档案和图籍，以及监察手下官员，检举谋反与违法行径的，此三者便合称为“三公”。
至于九卿的划分，萧遥也全都提到，并逐一为忽必烈解释述说。同时，他还将脑海中自己想出的一些治国理念融入其中。而不管忽必烈最终如何取舍，萧遥一直苦苦追求和梦想的权利与地位，此时已不再像是以前那镜花水月般的虚无缥缈了。
萧遥深知教育对于一个民族的重要性，因此首先他就建议忽必烈设立“奉常”，其职责是主持祭祀，管理成吉思汗陵，以及管理刚刚建议忽必烈恢复的中原各地的学校教育；郎中令主管忽必烈麾下的亲兵和新招募的汉人亲兵，作用大致相当于明朝的锦衣卫。由于萧遥建议忽必烈将长安城仿照隋朝改名大兴，寓意忽必烈自己的势力大兴之意，而此建议也被忽必烈采纳，因此原本被称为长安城防军的卫尉，便改名为大兴城防军；太仆负责管理麾下军马事宜，由蒙古人出任；廷尉则掌管法令刑罚事宜，而萧遥思及元朝还不到建立的时机，因此便决定暂时使用金朝的泰和律；典客主要处理外交事宜，负责与南宋、吐蕃、大理、高丽、日本以及蒙古自己几大汗国沟通联络；宗正管理忽必烈亲属以及汉地蒙古人事宜，使蒙古人和汉人分开管束。此举有利于稳定，忽必烈闻之大赞。接着是治粟内史，负责恢复中原漠南地区的农业生产；少府负责漠南汉地的市场交易，商业税收；中尉掌管负责大兴城
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