三年年底，朱棣起兵三年，仅据有北平、保定、永平三府，这时候，南京被责罚的宦官逃到北平把南京的虚实告之朱棣，朱棣大喜，问策于道衍，道衍说：“毋下城邑，疾趋京师。京师单弱，势必举。”朱棣就此定下长驱直入的方针。
建文四年，朱棣誓师曰：“频年用兵，何时已平？要当临江一决，不复返顾矣。”由馆陶渡河，在肥河大败南军，随后北军攻陷东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，南军平安诸将前来堵截，双方大战于齐眉山，建文帝调来中军都督府都督，魏国公徐辉祖助阵。朱棣部下多有畏难情绪，朱棣大怒，大将朱能以汉高祖建业一事从中鼓励诸将，北军才得以成行，此次战役，朱棣没有捞到什么实际好处，反而损失了大将王真、陈文、李斌，韩贵等人，然而，建文帝再度听信谰言，调回徐辉祖，使本来战败的朱棣得到足够的喘息，徐辉祖是深得乃父徐达的真传，属一时名将之选，徐辉祖去后，朱棣大畅其行，何福孤军奋战不敌北军，灵壁一战北军生擒平安、陈晖等三十七将，丘福、朱能袭破盱贻，控阻盛庸于南岸。此时，朱棣已经显得胜券在握，他表示：“凤阳楼橹完，淮安多积粟，攻之未易下。不若乘胜直趋扬州，指仪真，则淮、凤自震。我耀兵江上，京师孤危，必有内变。”果然，当北军攻克扬州之后，建文帝立刻慌作一团，派遣庆成郡主来朱棣军中求和，朱棣冷笑道：“我连太祖封给我的燕王都不要了，还要什么割地呢？”下令不许。
建文四年六月，江防都督佥事陈瑄以舟叛降朱棣，朱棣军力大增，六月三日自瓜州渡江，盛庸以海艘迎战，败绩，六月四日攻破镇江，次日攻破龙潭，南京已经指日可下了。
5.金川门之变
（1）建文逊国
建文帝在这次靖难之变的整个过程中可谓调度乖张、莫衷一是。齐泰、黄子澄本是谋主，一旦事情有变，建文帝竟然附允朱棣的意思，窜贬齐黄，而后有人上书以为不可，建文帝遂寝其事。削藩之初，燕王上书申救，建文帝居然览书恻然，谓左右事宜且止，黄子澄力争不可时，建文说：“朕即位未久，连黜诸王，若又削燕，何以自解于天下？”左顾右盼、惊惶不定，以妇人之仁来用人行政尚且不测，更不要说身临险象横生的政治深渊了。比之乃祖十分之一不及。
当建文四年六月之间，朱棣亲领大军南下，直逼南京时，建文帝彻底慌了，他加派大臣李景隆、茹瑺等人用方孝孺之计许以割地求和，朱棣此刻别有一番议论：“吾无罪而削为庶人，今救死，何以地为！且皇考封诸子，已各有分地矣。其缚奸臣来，吾即解甲谒孝陵归籓。”通篇都是借口，只有一句是真的，那就是不可能再作什么燕王了。而是要君临天下。
适时，朝廷内外混乱不止，有人趁机浑水摸鱼，徐达的幼子徐增寿、驸马都尉王宁、谷
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