在九土洞阳，取清虚七气，更于洞阳风泽中，取晨浩五气，总吸入口中，与三焦合于一处。九九之期，觉其中融合贯通，结成灵胎圣体。正当春一月月望之雷，从口中吐出婴孩，相好光明。又于秋一月望日，冬一月望夜，复吐出二子。”这三子就是尧、舜、禹，“皆天地莫大之功，为万世君师之法”。后来元始天尊吐气化成的尧、舜、禹被人们封“三官大帝”。
北魏时，寇谦之改革天师道，清整“三张伪法”，于是将三官与三元相结合。《古今图书集成·神异典》卷四六引《蠡梅集》日：“盖天气主生，地气主成，水气主化，用司于三界。而三时月之望候之。……三元正当三归宫，故曰三官也。”故以农历的正月十五为上元，七月十五为中元，十月十五为下元。《太上说玄天大圣真武本传神咒妙经注》卷一《因缘经》：“正月十五上元宫主一品九炁赐福天官紫微大帝于是日，同下人间，校定罪福也；七月十五日中元宫主二品七炁赦罪地官清虚大帝于是日同出人间，校戒罪福也；十月十五日，下元宫主三品五炁解厄水官扶桑大帝于是日同到人间，校戒罪福也。”同时，刘宋陆修静还有“三官所执，生、死、苦考自明法曹”之说。又与“三清境相”结合，《元始无量度人上品妙经四注》卷二《三元品诫经说》：“上元天官隶玉清境，结青、黄、白三气，置上元三宫，其中宫名元阳七宝紫徽宫，总主上真自然玉虚高皇上帝，诸天帝王上圣大神。中元二品地官隶上清境，结元洞混灵之气，凝结黄之清而成，其中宫名洞灵清虚宫，总主五帝五岳诸真人及惜地神仙已得道者。下元三品水官隶太清境，结风泽之气，凝晨浩之精而成，其中宫号扬俗洞泉宫，一曰青华方诸宫，总水帝扬谷神王，九江水府河伯神仙，水中诸大神及仙箓簿籍。”还和道教元气说结合，《云笈七羲》卷五十六：“夫棍沌分后，有天地水三元之气，生成人伦，长养万物。
同时，《重增授神记》和《三教授神大全》中还详细记载了三官的纪历、神职及统辖对象和范围。书中称：陈子祷与龙王三女自结为室，生下三个儿子，长大成人后都神通广大，法力无边，显现无穷。于是元始天尊封老大为上元一品九气天官紫微大帝，即诞生之符始阳之气结成至真，住玄都元阳七宝紫微上宫，总主天帝神王上圣高真及三罗万象天君，封老二为中元二品七气地官清虚大帝，住九土无极世界恫空清虚之宫，总主五岳帝君并二十四治山，九地土皇、四维八极神君；封老三为下元三品五气水官洞阴大帝，住金灵长乐宫，总主九江水帝、四渎神君、十二溪真及三河四梅神君。并说每到三元之日，三官大帝便亲临神坛，考籍大千世界之内十方国土之中的神仙升临、人品考限与万类化生之事，天官喝福紫微帝君、地官赦罪青灵帝君、水官解厄暘谷帝君，俨然为神灵世界主宰一切的最高尊神。
三官的诞辰日即为三元日，因此从唐宋以来，三元节都是道教的大庆日子。唐代三元节由皇帝下敕天下诸州禁屠三日，“令百姓是日停宰杀渔猎”。由于天官被封为赐福紫微大帝，民间遂将其视为“福神”，与禄、寿二神并列。至于三官神的职掌范围，宋明以后又自于三清四御的确立，而有所缩小，一般认为掌管人间
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