带着一帮人拿着广东都司的军令企图夺取兵权，便调动亲信粉碎了其‘阴’谋，当场砍杀康伯冲父子，又调动军队控制了万山岛、三‘门’岛、大鹏所城等战略要地。
其后张鹏飞采纳王天漠的建议，伪造公文假传沈犹龙的命令，宣称南头参将王彦充勾结广州总兵宋纪等人造反，下令大鹏所军平叛，大鹏官兵并不完全相信，但一方面他们对张鹏飞的遭遇非常愤慨，另一方面他们大多数人的身家‘性’命已经被绑上张鹏飞的战车无法摆脱，便听从了张鹏飞的命令，只有张择善等少数军官反对出兵，但旋即被张鹏飞软禁起来。
于是张鹏飞尽发大鹏所军水陆二营和平海营，加上南海数十座鱼厂、工厂的工人管事，外加疍民、艇民，还有臣服于张鹏飞的海盗，共计水陆大军三万余人起兵，兵分两路对南头大营和广州城同时发起进攻。
在大鹏所军的猛烈攻势下南头大营才抵抗半天便告陷落，防御空虚且毫无防备的广州城也很快落入张鹏飞手中，城中的大小官员束手就擒，数日后，广州府南部的所有州县全被大鹏所军控制。两广总督沈犹龙‘欲’要自杀却被青衣社打入其身边的特工阻止，也做了张鹏飞的阶下囚。
张鹏飞进入广州城严明军纪，大鹏所军秋毫无犯，张鹏飞又广贴安民告示并开仓放粮以争取民心，广州府的局势很快便稳定下来。
公元1643年3月，张鹏飞成了广州府的主人。
明廷得悉张鹏飞叛‘乱’，调集湖广和两广的四万明军前来平叛，但明军装备低下士气低落，根本不是大鹏所军的对手，一战便被大鹏所军打得溃不成军。明廷又下令福建的郑芝龙出兵，郑芝龙派出水陆大军五万人向广州‘逼’近。
关键时刻王天漠自告奋勇充当说客前往郑军大营，说之以鹬蚌相争渔翁得利的道理，郑芝龙也怕和张鹏飞硬拼损失惨重，反而被朝廷兔死狗烹，于是出工不出力。
而此时离李闯进京不过一年时间，明廷的局势已经糜烂到不可救‘药’的地步，再也不可能拿出多少力量对付张鹏飞，至此，明廷拿张鹏飞再无办法。