政手续，下令烧毁了所有贵族家中保存的职官录，用家谱来代替原有的职官录，实际上是废除了以出身定官爵的做法。
在费奥尔多三世统治期间，俄罗斯进行了重要的军事改革，加速了俄军的现代化，按照欧洲标准开始装备和训练军队。在这个时期，俄罗斯首次将文官和武官区分开来，俄军开始推行军衔制，军衔分六级，最低的军衔是少尉，最高军衔是上校；文官也分等，文官等级成为任命官职的重要参考依据。
从此武官只负责军队和国防事务，行政、司法等民事统统移交给文官处理。此外，司法改革中一项重要的措施就是废除了刑法中有关断肢的惩罚，犯了重罪的犯人不再被砍手或断足，而是改为流放西伯利亚。
费奥尔多还推行了一系列行政改革措施，将重大国事的决定权转移到大贵族杜马，并将贵族杜马的成员人数由66人增加到99人。
费奥多尔三世的两位御前侍臣亚济科夫与利哈乔夫出身平民，但很受沙皇器重。这两个人开始为沙皇物色未来的皇后。有一年复活节游行时，沙皇在人群中注意到了一位少女，很得他的欢心。亚济科夫和利哈乔夫在暗中打听，得知这位少女原来是波兰贵族出身的杜马书记官戈鲁舍茨基的侄女阿加菲娅。随后亚济科夫和利哈乔夫以御前侍臣的身份到戈鲁舍茨基家中拜访，授意戈鲁舍茨基不要将侄女许配给他人，而是静候沙皇谕旨。果然，在不久之后费奥多尔三世迎娶阿加菲娅为妻，并加冕为皇后。
阿加菲娅对宫中的生活方式影响很大，她是俄罗斯历史上第一个被允许在宫中和正式场合穿着欧式服装的皇后。在阿加菲娅的带动下，宫中侍臣和大臣们也开始脱下长袍，改换欧式短装，很多大臣还剃掉了络腮长胡子，改留欧式的小胡子或者干脆把胡子剃光。
在1653年东乌克兰宣布并入俄罗斯版图之后，俄罗斯同南方和西方的世敌克里木汗国、波兰立陶宛王国就冲突不断。西乌克兰哥萨克酋长多罗申科在波兰支持下挑起战争，并把土耳其和克里木汗国也卷入了反俄战争。为了争夺东乌克兰，从而爆发了第一次俄土战争，俄罗斯和土耳其终于刀兵相向。在俄罗斯一方，除俄军参战外，还有顿河哥萨克和东乌克兰哥萨克；在土耳其一方则有藩属国克里木汗国、西乌克兰哥萨克助阵。战争持续了5年，最后俄罗斯督军罗马达诺夫斯基和东乌克兰哥萨克酋长萨莫伊洛维奇的联军击败了土耳其，西乌克兰哥萨克酋长多罗申科被俘虏，押往莫斯科。战争结束，俄罗斯和土耳其在克里木汗国首都巴赫奇萨莱签署和约，土耳其承认第聂伯河以东的东乌克兰属于俄罗斯领土，基辅也被划入俄罗斯版图，俄罗斯渔民有权在第聂伯河上从事捕捞和晒盐等经济活动。
在第一次俄土战争结束后，俄罗斯和克里木汗国首次出现了正式的共同边境线。为了防御克里木汗国的入侵，费奥多尔下令在北顿涅茨河上游的伊久姆一带修建了长达400俄里的防线，向西直抵第聂伯河。后来又把伊久姆防线向北延伸，和原来已经修建的别尔哥罗德防线连了起来。这样，费奥多尔三世时代的俄罗斯西南部边界变为第聂伯河-伊久姆一线。当沙俄实力扩张到了第聂伯河与顿河下游一带时，下一个目标就是获得通往黑海的出海口，这样首先要打通通往亚速海的通道。在北方，俄罗斯要想获得通往波罗的海的出海口，则必须击败欧洲强国瑞典。费奥多尔时代的俄罗斯还没有这个能力，暂时俄罗斯还是一个内陆国家。
费奥尔多推行的还有一项重大改革措施就是正在筹划建立俄罗斯的第一所高等学府，即斯拉夫-希腊-拉丁学院。学府的建立工作由费奥多尔的老师波洛茨基和波洛茨基的另一个学生西里维斯特尔?梅德韦杰夫主持。