窜入黑龙江的侵略军头目别克托夫相遇，两军合并后，决定在呼玛尔河过冬。为防御清军袭击，斯捷潘诺夫修筑了呼玛尔城堡。该城筑于呼玛尔河和黑龙江会流处的一个小岛上，城堡围以方形土墙，四周围以坚固的双层木桩，墙角筑有扶壁。城堡四周挖有深一俄丈，宽二俄丈的壕沟，壕沟外布满木刺障和铁刺障，城墙从上到下都开有射击孔。俄军企图凭坚固守，抵抗清军。1655年（顺治十二年）清政府派都统明安达礼“自京师率师往讨，进抵呼玛尔诸处”。3月24日，明安达礼将在堡外树林中伐木造船的20名俄兵全部消灭。斯捷潘诺夫派出80余人出城救援，立刻陷入清军的重围，被全部击毙。30日，清军将大炮移近呼玛尔城堡，在距城70俄丈和100俄丈的两个炮台同时开炮，并向城内射击箭书，令其投降。俄军置之不理，清将下令攻城。4月5日夜，清军从四面对城堡发动了密集的攻势，云梯、钓竿、火药包等攻城器械纷纷靠上城墙，战斗激烈。清军从午夜战至天明，未能攻克。为避免伤亡过大，明安达礼下令后撤，在距城一里半处安营扎寨。清军一面继续炮击城堡，一面断绝城内水源，捣毁敌船。战斗相持10日，4月15日在胜利在望之际，明安达礼以“粮饷不足”，下令清军撤离呼玛尔城堡，使这次反侵略战争没有取得完全胜利。
松花江口之战。呼玛尔战斗后，斯捷潘诺夫率哥萨克继续在黑龙江流域为非作歹。清政府决定以彻底驱剿。1657年（顺治十四年），清政府派宁古塔昂邦章京沙尔虎达率军征剿，在尚坚乌黑打败一股沙俄侵略军。1658年（顺治十五年），清政府又派沙尔虎达再次率军征讨，并派使臣赴朝，再请出兵助剿。朝鲜政府予以援助，“差北道虞侯申浏为将领，率哨官二名、鸟枪手二百名，旗鼓手、火丁共六十名，带三月粮，六月渡江，至宁古塔”。斯捷潘诺夫率俄军500名，上溯松花江抢粮。7月11日，在松花江口与清军相遇。沙尔虎达下令向俄军开炮，经过一阵猛烈的炮击，俄军阵角大乱，180人乘船驶出松花江，逃往黑龙江上游，其余300余名被迫弃船上岸。经过3天的激战，“烧贼十船”，击毙和生俘俄军270名，只有47人乘船逃跑。这次战斗中，斯捷潘诺夫被击毙，清军获得重大胜利。
古法坛之战。1659年（顺治十六年），镇守宁古塔昂邦章京沙尔虎达逝世，其子巴海继任宁古塔昂邦章京。1660年（顺治十七年），巴海奉命率军挺进黑龙江下游，扫荡沙俄残匪。在伯力北面的古法坛村，巴海率军痛击俄军。同年秋，巴海奏报：“臣等率兵至萨哈连、松噶里（今黑龙江、松花江）两江汇合处，侦闻罗刹贼众在费牙喀部落西界，随同副都统尼哈里、海塔等领兵前进，至使犬地方，伏兵船于两岸，有贼艘奄至，伏发，贼即回遁，发兵追袭。贼弃舟登岸败走，斩首六十余级，淹死者甚众。获妇女四十七口，并火炮、盔甲、器械等物。”
在这些战斗中，在东北生活的各族人民的力量均贡献了巨大的力量。