心里清楚这四千多人还要被刷下来一批，毕竟司马遹只打算招一千人。
接下来是开始编制训练。司马遹以十人为一什三什为一队三队加旗手、号手计百余人为一屯三屯加旗手、号手三百余人为一营三营加旗卫队等计千余人为一都，三都为一军设参军、书记、军法、联勤辎重、细作情报等署。
司马遹本来护卫队二百余人都是从司马雅、许超二人带来的族人。跟随司马遹有半年多了几经训练早就成了一支精锐之师。
司马遹下令将部曲择精锐百余人下到各什以为教官。然后他编写新兵操练教本规范新兵每日操练科目。
每天早上卯时吹号起床洗嗽之后立即集合先列队在野外跑上一个时辰然后吃早餐。接着上午都是再走队列分左右中午吃午餐和休息一个时辰。下午又是野外跑一个时辰再交叉进行单兵体能训练和队列走步训练。酉时三刻吃晚饭然后再集中起来听书记官说书（暴寒一个）说事。亥时一刻吹号睡觉。
新兵训练在两个月之后四千六百人淘汰一批人后，剩下的将做队列行进、单兵体能和野外长跑等考核，其中因为不合格再被刷下去，剩下的就是司马遹需要的精兵。
而每天的科目则是早上吹号起床野外跑步不变。上午是用木条制成的比真家伙重一倍以上的盾牌、长矛和长刀学习技击刺杀对象是真人模样的木偶。这种技击刺杀动作是由那些技击高手们总结出来的本着高效有用的原则编写的不是一般花架子能比的。下午是训练跳跃跑步、跨越壕沟翻越高地木墙等单兵基本技能训练。中间还要掺杂着相互格斗阵形变化前进。
司马遹分别任命祖逖为都尉兼任第一营营正，司马雅与许超分别担任其余二营的主官。而这个时候不论是司马雅许超两人的族人，还是祖逖从北地带来的族人，全都被司马遹打乱重编。再加上招募的本地人，司马遹尽量避免宗族势力在军队中膨胀。
最后选出来的一千人将组成太子亲军，为了保证将来的军队能够令行禁止，并做到秋毫无犯，司马遹制定了严苛的军法。并由他亲自担任监军，掌管军法跟操练。
在这部军法的中，司马遹别出心裁地提出了军人的权利、义务和责任。先是军人的权利：一.军人有权享有应有的待遇和荣誉；二.立功必赏，有要求升职的权力；三.有权请假休息；四.军人的私人财产受到保护。
接着是军人的义务：一.精忠报国；二.抵御外侮；三.捍卫百姓权利。第三是军人的责任：一.自觉无条件服从命令；二.尽心尽职服役；三.真实报告军情，维护军事机密。
这些东西不但搞得那些军士一头雾水，连三位得力部下在司马遹的详细解释下也只是懂了一部分。但是司马遹坚持把它写在军法中，他相信，过了不久，许多人就会明白这三款的真正含义。
接下来的三令七十四禁，大家就很清楚了。三令指的是违令不遵、贻误战机、不战而退三种重罪，主官有权根据属下所犯三重罪的轻重，处以训诫、撤职、斩。七十四禁就涵括很广，行军纪律，驻扎纪律，作战纪律等等，在其对于掳掠扰民规定的非常详细，
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