刘琨在建康城中陆陆续续整顿好江东降兵之后，又从徐州、豫州两地征集了五万府兵，遣都尉石勇为前锋领军直下吴郡。
三日后。厢军在刘琨的指挥下于阳羡大败王敦统领的叛军，斩首一万一千余，俘虏超过三万人，基本上消灭了叛军的主力部队。王敦领残部窜逃吴兴郡和会稽郡。而就在这时，大晋海军近海舰队第一分舰队汇集了五千水兵和一万陆战队一举收复了上虞、句章、余姚和山阴。直接端了王敦叛军的后路，接着又继续攻陷了永兴与早就接过防务的钱塘连成一片。
王敦见去路已断。只得转向再次逃往吴郡，都尉石勇领兵在后面紧追不舍。王敦逃到吴郡边境才发现，东路厢军已经从丹徒打了过来，没办法他只好朝着东边大海逃去，结果走到海边被守株待兔的陆战队给逮个正着。
眼见无路可逃，王敦仰天长叹，他转身看着身边仅余的数百亲兵，不由得怆然一笑，一把抽出宝剑自刎而死。旁边的亲兵看到王敦自杀，顿时就像没了魂魄一样，叮叮当当兵器掉了一地。
而顾荣、张尚、刁协等江东士子见厢军攻击犀利，他们只得调头南逃。当众人领着残军逃入临海郡的时候，突然被大海阻住去路。看到前无去路后有追兵江东世家突然发生内乱，顾家为了活命想要拿张家人头去赎罪。
谁知张尚也不是好惹的，他表面上装作不知，却暗中调集张家私兵着手反击。结果两家在大海边上打得死去活来，等到海军陆战队从建安郡杀到的时候，张、顾两家私兵已经不剩多少，就连两家直系子孙也战死不少。
而剩余的顾、张两家子孙全都厢军擒获并押到洛阳，等到洛阳之后传承数百年的顾家和张家随即被司马遹下旨诛族，两家剩余共五百余口全都被杀。当然了期间不时没有人为他们求情，但都被司马遹严词拒绝，如此朝廷上下再次感受到皇帝散发出来的凌厉杀气。
王敦自杀，顾、张两家被灭并不意味着江东就会安定下来，司马遹并没有就此罢手，他再次通过内阁昭告天下：宣布江东十几个世家大族为叛逆，要求他们赶紧向朝廷投降！并再次要求江东其余各地兵马立即停止对抗，就近向厢军各部投降，接受朝廷的指挥和整编。
与此同时，皇帝司马遹下旨调裴嶷等一干官员到扬州刺史和郡守，经此战乱扬州各地官员缺口甚多，不少县令和郡守在战乱中被杀。这次朝廷共抽调了数百名官员到扬州填补空缺，有了行政官员的支持，被收复的州郡很快就走上正轨。
在这场战乱当中，最惨的还是原本在江东势力强大的世家大族。一部分世家在王敦整顿期间被抄家灭族，剩下的或在战乱当中毁于战火，又或因参与到叛乱中被朝廷清算。凡参与叛乱的世家都逃不出灭顶之灾的结局，他们的族人被杀家产被没收族人
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