扰合肥。刘琨到任之后，为了改变这种被动挨打的局面。他一边示敌以弱，一边悄悄从彭泽胡、高邮湖调集水师力量秘密布防巢湖，然后抓住时机一举击破了再次来犯的江东水师。
此战之后，合肥防线的局面为之一变，朝廷开始占据主动权，不过刘琨并不敢大意，在眼前朝廷内河水师的实力仍不及江东，只能被动防御而无法主动出击。就拿这一次巢湖水战来说。若非他将高邮湖、彭泽胡等地的水师调到巢湖，再加上战役的突然性，怎么一举打破江东对巢湖的封锁。
巢湖这场水战引发江东内部发生一系列巨变，曾经立下大功如今坐镇涂中的温羡被江东本地士族排挤最终调任交州刺史，而扬州刺史则被江东本地士族领袖甘卓接，甘卓乃三国东吴将领甘宁的曾孙。
如今沿着整个长江一线，朝廷与江东主要在四个地方展开激烈交锋。分别是扬州、当涂、合肥以及江陵。
其中江陵乃是江东抵御朝廷蜀中大军的前沿阵地，是江东割据势力的西部屏障，而扬州、当涂是濒临长江北岸的重镇，由于江东高邮湖水师在淮南一战中被朝廷俘虏。导致江东不得不丢弃了扬州这个重镇。因此朝廷控制着扬州，而当涂则在江东人手中。
江东水师在淮南大战之后，经过三年时间的发展，早就恢复了实力，而且更胜往昔。江东人往往借助水师之利从水路骚扰扬州和合肥两大重镇。虽然被刘琨敲掉了一小部分，但江东人并不服气，他们时刻想着要报复朝廷水师。
尤其是新任扬州刺史甘卓到任之后，更是积极备战，此时甘卓可谓是春风得意，想要一举收复巢湖、扬州一线，将江东的北部防线往北推移，让建康彻底摆脱直面朝廷兵锋的局面。
甘卓能拿到扬州刺史的头衔，与江东本地士族的活动不无关系，自从司马睿坐领江东之后，江东本地士族与北方南渡世家之间的矛盾一直都存在。在最开始的时候，以王敦、王导为领袖的北方世家一直占据着主导地位。
但是在最近两年，江东士族开始不满被北方士族压在头上，无论是顾荣还是纪瞻都想取代王氏兄弟的地位。这一次江东本地士族借助水师失利一举拿下扬州刺史的位置，绝对是一大进步。
江东司马睿政权优遇南来的北人，在他们聚居的地方设立所谓侨州、侨郡、侨县。如琅邪王氏、颖川庾氏、陈郡谢氏、谯国桓氏等，都是司马睿政权的主要依靠力量，在中央和地方担任要职。
但当初孙吴时江东大族的上层人物，对于司马睿南来所建政权，起初并不竭诚拥护。如陆玩目王导为伧（南人对北人的蔑称），拒绝与王氏通婚。为了改变这种不利的局面，司马睿对于江南士族中政治、社会影响较大的人，如顾荣、贺循、纪瞻、陆玩等，渡江之初就加意笼络。
尽管这中间有司马睿在调和南北士族之间的矛盾，然来自北方的统治阶级被南人所顾虑，在攫取田产方面，
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