在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和阿斯兰两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：
到现在阿斯兰才知道，原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工**里成功出生的最强调整人，而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。
穆和阿斯兰留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。
等到乌鸦高达和禁断高达恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和正义三架高达均未返回的大天使号，只得由自由高达和gn堕天使前往应战。
另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为林枫所阻拦，而我因为被禁断，主天使号和那三艘的舰船与ms不要命的炮火死死拖住所以没能立刻赶过去。
救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔.穆尔塔不禁大喜过望。
遭到联邦舰队和zaft舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了zaft舰队的阻击。草薙号和永恒号向zaft的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。
由于主天使号的两个强化人都达到了活动的界限，zaft方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向zaft军的宇宙要塞“博亚兹”进军。
没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的zaft军被打得大败。
焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用zaft方面的核武器——genesis（创世纪）
至此.comed的最终一战终于引来了序幕。德拉克.d.夏亚的最终敌人，万恶之源中遗漏出来的贪欲也将登场。
撒！战斗吧！少年啊！
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“开始了哦，诸位,现在就是将那些天上的怪物击落的时刻了！让他们知道！到底谁才是世界的主宰！！为了蓝色清净的天空！！”穆尔塔大声吼着蓝色波斯菊的口号，宣布了对plant的最终一战开始了。
数以千计的ms纷纷喷发着蓝色的光芒，袭向了plant的防卫线，在他们看来。已经失去中子干扰器的plant已
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