传统的发酵技术原料必须要用粪便，在用料时有一定的局限性，毕竟是农村，粪便的来源非常狭窄，除了当地村民的排泄物以外，就只有牲畜的排泄物，牲畜的排泄物难以收集，一旦村民的排泄物不够用时，就没有了粪便这种原料，很容易造成供气不足，长时间内得不到沼气。
同时，利用粪便发酵，非常容易“结壳”，粪便的成分复杂，漂浮物较多的话，就容易在最上层形成不透气的壳，由于缺少了氧气的进入，发酵减缓，同时产生的沼气也无法出去，这需要经常性的搅拌发酵池，但农村对发酵池的管理和服务非常不到位，这个过程很难有地方完善做到，这是沼气在农村发展缓慢的重要原因。
而沼气不仅受当地情况限制，还受到环境温度影响非常大。
通常而言，沼气都是埋在地下，呈现出密闭状态，温度的影响非常大。
在夏季时，温度较高，发酵反应剧烈，产气量就大，太多了，村名用不了，所以，必须要及时排气，但排气稍不合适就容易涨池，也就是气压太大，将封闭池子涨坏，导致漏气。
而冬季又因为温度太低，发酵群活性不足，产生不了足够的沼气，沼气工具就不能正常使用，在寒冷的地方尤其如此，造成往往只能使用半年，其余的时候都不方便用。
除此之外，传统沼气池必须每天保证进新鲜的料、出料和搅拌才能使用，每年还得把里面的料清空。清理淤积的杂质。管理上很不方便。同时。沼气池绝大部分是砖砌的，但由于沼气含有硫化氢，对水泥腐蚀很大，使用时间不长就出现漏气现象。
而一旦出现漏气、腐蚀等问题，就需要维修，维修时需要将原料全部清理完才能重新抹灰密封。
有人说了，为什么不用有机玻璃钢池，这样密闭性更好。防腐蚀，耐用，但有机玻璃造价昂贵，对农民而言，是一笔很大的开支。况且，传统沼气池的修建是一个费工、费时的工程，比如6-10立方米的池子，这是若内比较通用型的型号，土方开挖量在8-13立方米左右，需要一个星期才能完工。至少要养护一个星期才能装料，前后要一个月才能正常使用。
人力成本。时间成本，资金成本都花了，可一旦用户搬迁，池子不能带走，只有选择废弃，以目前农村人口迁移的状态来看，被废弃的池子绝对不在少数。
而专家们一味鼓吹的，可以经济循环利用，将发酵过的原料拿来肥沃土壤，那更是空中楼阁一般的理论，要知道，传统的沼气池都是采用半连续发酵方式，也就是隔天往池子里倒入新的原料，这会产生什么现象？
这会让上一批在发酵的原料，由于突然混入了新的原料，以及混入了新的空气，使得原料发酵不完全、不彻底，这会造成什么？导致最后的发酵原料，成了生熟料混杂，也就是发酵不完全和完全的发酵物混合在一起，而，生料，也就是发酵不完全不彻底的原料，都含着各种
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