是，朝野上下一场对张巨正的清算运动轰轰烈烈的开展起來了，然而，朝中还是有不少明智之士，申时行就与万历的观点截然相反，张居正的一切办法并沒有过时，仍然不失为一个好的办法，改革的实践就已经证明了这一切，不过申时行不是张居正，历史让他处在一个尴尬的位置，沒有张居正那样的被信任，沒有那样的权威，更沒有权力可言，内阁不过是皇帝的一个办事机构而已。
张居正与年轻的万历有着本质的不同，张居正身怀“鞠躬尽瘁，死而后已”，一心为国，一心为民的信念；万历则是在为获得自由而欢呼，一味的放松自己，尽情地享受着快乐，张居正学富五车，以干世之才，行治国救民之术，一切从实际出发；万历则是从个人的一时之好，凭官员邸报，奏折等文章寻求一些治国富民的信息，他不知道这些公文根本就靠不住，不过都是一些粉饰太平，歌功颂德的花样文章。
申时行在功利和正义面前，不得不选择了前者，这不能怪他，他也是一个人，面对这些考验也不得不低下头來，他只得承认现实，听从命运的安排，识时务者为俊杰，
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