突然变得风平浪静下來，所有战斗全部停止，织田大军整日缩在连绵的大营和半山腰经过修复的木砦中，高挂免战牌，而石山南边的海面上，却是千帆竞渡、炮火轰鸣，不断试图打破封锁网、进入本愿寺输送补给的村上水军和焕然一新的织田家熊野水军，你來我往，激战不已，巨大的炮火轰击声、水手们的呐喊声几乎盖过海浪的翻腾，清晰地传到本愿寺内。
双方不相伯仲的激战持续了一天，第二天一切海战终于见了分晓，信心十足、整军再战的村上水军万万沒有想到，熊野水军竟能如此隐忍，不惜损失那么多战舰，一直将战前传的沸沸扬扬的所谓秘密武器铁甲舰留到第二天，给经过第一天大战后错以为根本不存在什么铁甲舰、防备之心松懈下來的村上武吉一个突然袭击。
7艘庞大坚固的铁甲舰在村上水军的目瞪口呆的注视下，从淡淡的海雾中破浪而出，毫无顾忌地抢占上风向，然后直冲村上水军阵型，横冲直撞、舷炮轰鸣，顷刻间就将村上水军赖以成名的蝴蝶阵冲得七零八落，但村上武吉也不愧是纵横大海的枭雄，短暂失神后立刻组织反击，可惜，他还是小瞧了这些简直就是耗金无底洞的铁甲舰，村上水军的炮弹轰击在厚重的船体外挂铁甲上，不是直接被弹飞了出去就是仅仅只留下一些小坑，其他毫发无伤，可是铁甲舰的新型火炮和犀利撞角，却可以轻易将村上战舰一艘艘地击沉、撞毁，7艘铁甲舰仿佛7名武艺超群的剑客一般，在无数村上战舰之中肆意穿梭、如入无人之境。
就在整个村上舰队被7艘铁甲舰牵制、乃至打乱的关头，熊野水军适时杀出，顿时毫无悬念地打败村上水军，村上武吉见事不可为，无奈下令撤退，即便如此，仍是损失惨重，是役，村上舰队近400艘战舰，被击沉132艘，俘虏74艘，重伤45艘，随行的运输武器、粮食的货运船，尽数被织田军俘获。
至此，一直支持石山本愿寺的毛利家海军再也无力输送物资，本愿寺的外援终于彻底断绝，成为瓮中之鳖。