赶到了小谷城下，开始了笼城战，然而不得不说，浅井家的确是少有的具有强大向心力和凝聚力的大名，即便面对着已是亡国灭族的境地，整个小谷城内依旧是团结一心，无论是家臣、武士还是平民，他们都很清楚，眼前的一切并不是那个曾带领着他们享受荣耀和富足的主公所造成的，一切都是命运使然。
于是，在带伤上阵的矶野和硕果仅存的家老海北纲青的鼓舞带领下，整个小谷城充分动员起來，粮草、水源、药品、兵器、兵员，所有的东西都最大程度地投入到即将到來的笼城战之中，浅井长政看到众人齐心协力护卫浅井家的决心，也不由重焕生机，开始全力布置防御，希冀能够等到笼城战前派往加贺国救援的信使带着本愿寺大军赶來解围。
可惜，命运终究还是给浅井长政开了一个痛苦的玩笑，加贺国和越前国在本愿寺的号召下仓促发动了一向一揆，结果被织田军一锅端，几乎全军覆沒，加贺国自保尚且困难，更何况是发兵救援小谷了。
即便如此，浅井长政仍旧沒有失去信心，面对羽柴大军绝水、断粮的封锁，整个小谷城爆发出难以置信的毅力，坚持着，可是过了一天又一天，粮食飞速消耗、饮用水也开始逐渐短缺，城内的伤兵得不到救治在痛苦呻吟中死去，越來越多的平民得不到足够的粮食，整个小谷城在哀嚎、在悲恸，目睹着这一切在眼前发生的浅井长政绝望了，，。
长政知道，继续下去，继续永远看不到希望的战斗已经失去了意义，为了浅井家最后的尊严而无视无数子民的生死，他长政做不到，为了他浅井一族的错误决定而置无数忠诚的将士于死地，他长政更不愿意看到。
于是，永禄九年十月初十，北近江大名浅井长政下令投降，之后与浅井一族尽数自焚于天守阁内，但事后经过仔细辨认并未发现阿市公主及其三名子女，浅井家重臣包括海北纲青在内共计14人城陷之日在家中剖腹自尽，悍将矶野员昌率领所部铁骑发起决死冲锋，不幸死于铁炮乱射，其部遂降，至此，存在了近60年的近江大名浅井氏彻底灭亡。