“使用权”，更在岛上修筑堡垒，部署士兵防御，甚至修建了天主教堂和医院。
在葡萄牙人的重兵保护下，那座位于浙江黄金要道的小岛，以几何级数的速度迅速发展起来。双屿岛最繁华时，岛上每天往来的船舶总数高达两千艘，每日成交的白银数额高达十万两。不但日本，葡萄牙，东南亚各国商旅纷纷云集，浙江沿海商人甚至做小生意的平民百姓也纷纷纷至沓来。
中国的生丝，茶叶，丝绸，瓷器以这个小小的窗口大规模的出口海外，然而朝廷的关税白银，却也因此大量流失。繁华的贸易和巨大的贸易额，刺激了浙江甚至江南地区手工业的迅速发展。
以至于苏州的货物，“至双屿者十之八也”！小小的手工工场尚且如此，东南沿海的势豪大户更不用说了，许多大户干脆在岛上入有股份，坐享其成。小小双屿岛，其实是盘结着各方面利益。
在家门口搞“自由贸易”，朝廷当然不能坐视。但双屿岛之所以明目张胆，关键原因还在于岛上的武装力量，葡萄牙殖民者在岛上大约有数百人的驻军，更有坚固堡垒，外加倭寇以及当地海寇的武装，双屿岛的武装力量不下千人。
在岛上南北两侧的港口，每天皆有葡萄牙武装炮船巡逻，甚至对来此贸易的各路商旅征税。双屿岛还很有“信誉”，凡是进入双屿岛水域的商船，皆有葡萄牙炮船武装护航，保证来去平安。
如此实力，水师早已荒废的朝廷自然不敢轻举妄动。当地政fu甚至采取过断绝岛屿水粮供应的方式，严禁周边村落卖给双屿岛淡水粮食，但双屿岛对周边村落采取高价收购粮食的政策，以至严令之下，周边村民纷纷冒死与之交易。
甚至在朝廷杀一儆百，捕杀胆敢“资敌”的百姓时，葡萄牙舰船竟然撕破脸，凭坚船利炮在当地大肆抢掠。打打不过，轰轰不走，眼见着每天大笔的白银在眼前流走，朝廷越发苦不堪言。
如何解决双屿岛问题，朝廷上下意见不一。最终，强硬派占了上风，认为泱泱天朝，岂能纵容走私，对此等事情必须严惩。结果，上《开岛疏》的葛旬被夺职罢官，而力主武力解决的右副都御史朱纨被委任为闽浙总督，受命讨伐双屿岛。
朱纨不愧是一个“干臣”，到任浙江后立刻采取强硬措施，首先缉捕了当地与双屿岛有关联的商家八十多人，严惩其中罪大恶极者；接着派重兵在沿海巡逻，凡胆敢向双屿岛输送食物者，一律就地正法！
他甚至还推出了“举告法”和“连坐法”，沿海百姓凡有私通“海贼”者，其邻居亲戚一律连坐，而敢于出首告发者可以免罪。一时间浙江、福建两省纷纷掀起了举报风潮。同时，朱纨还派亲戚混入海贼中，上岛作为内应。
经过数月精心准备，嘉靖二十七年四月七日，官军正式发动了对双屿岛的总攻。朱纨采取前后夹击的战术，派水师先封锁住了双屿岛的南北港口，断绝岛上“海贼”们的逃路。继而以重炮其轰，将双屿岛覆盖在一片火海之中。
四月八日凌晨，水师数百艘小船在炮火掩护下抢滩登陆。值得一提的是，由于朱纨事先的保密工作做的好，对于明军的这次突袭，整个双屿岛竟一无所知，在明军大炮打响时，双屿岛的“夜市”正热火朝天，登时被明军轰了个稀里哗啦。
经过两天苦战，明军终于占领岛上的葡萄牙要塞，缴获大量武器辎重。而先前占据此岛的“海寇”们，则大多在此战中被一次性一网打尽，李光头，许栋等人的海盗团伙在此战里全军覆没。而葡萄牙方面，仅阵亡者就有二百多人。
也正是在此战中，明军所缴获的葡萄牙人火器经过改良，被广泛装备于大明步兵中，也就是常用的“兵丁鸟枪”。
双屿岛之战后，朱纨乘胜追击，沿着海寇们的逃亡路线一路追杀，又在漳州大破葡萄牙海盗团伙，斩首一百多人。同时借着剿寇之战的余威，在闽浙地区大搞“清洗”。
他让被俘的葡萄牙人指认，凡是与海寇有勾连者，无论官绅百姓，一律重惩治罪。仅是在福建漳州一地，他在战斗后命葡萄牙俘虏招供，一次性就斩掉了沿海“通倭”百姓九十五人。
这下可捅了马蜂窝！
双屿岛本身的存在，与闽浙地区的势豪大户本身就勾搭连环。不但如此，连沿海的平民百姓，也在贸易中受惠颇多。朱纨大搞禁令，受害最深的却正是他们。在双屿岛被攻破的一个月里，不但沿海工商业在海禁政策下日益萧条，就连苏州、杭州等地也“百货积压，生民艰难。”
朱纨此举，虽本意在保家卫国，结果却是得罪一大片。事发后，京中的浙江、福建籍官员连篇累牍，纷纷弹劾朱纨。甚至连朱纨军中，许多当地部队也不忍诛杀，纷纷上书朝廷告状，众议汹汹之下，嘉靖皇帝不得不修正之前的“海禁严令”，下诏申斥朱纨，命他“夺职待命”，即撤职听候处理。
刚烈的朱纨哪受得了这个气，他索性给朱厚熜上书申辩冤屈，接着喝了一瓶毒药，以死相抗议，结束了年仅五十七岁的生命！
由此可见，“夷务”不仅是一个军事问题，而且还是政治问题和经济问题。牵一发则动全身，一个处理不慎，就会惹来大麻烦。所以因朱纨的前车之鉴，朝廷上下从此“无人敢擅言海事”，更别提什么收复澳门了。
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