并且由国防部划拨经费，那海军就不可能得到独立的经济大权，其展也必然受到影响。
别小看经费这个问题，可以说，当时海军与6军反对成立国防部，都是因为这个原因。而相坚持要成立国防部，也正是想通过控制军费来控制军队，最终使军队完全由内阁掌握，成为政府手里的工具。也正因为如此，在国防部部长的人选问题上，两个司令官与相的分歧就更为巨大了。
按照相的意思，国防部是一个文职部门，国防部长也必然是文职官员。虽然，相不排除由将领出任国防部长的可能性，但是有一个先决条件，那就是出任国防部长的将领都必须退役，即与军队解除关系，从而成为文职官员。虽然以文治武是展的趋势，但是在帝国历史上，因为由文职官员管理军队而导致的灾难数不胜数，所以6海两军司令都不赞成相的安排，认为国防部是管理军队的，那么，就应该由将军来担任部长，而不是派个“秀才”来指挥军队作战！
后来，这就引出了国防部的权限问题，即国防部有没有指挥军队作战的权力，以及要不要由国防部来指挥军队作战。可以说，当时还没有几个国家成立了国防部，而且在怎么用文职官员管理军队的问题上也没有多少经验可以借鉴，帝国也只能摸索着前进。其实，这也成为了相一直没有正式确定成立国防部的主要原因。
后来的解决办法大家都知道，而当初正是因为聂人凤与严定宇的坚持，最终相才向两位司令官做出了妥协让步。既然国防部是文职机构，那就不应该掌握军队的指挥权，而只掌握文职方面的权力，比如军费，人事这两项大权。军队的指挥权仍然得交给军人，而不是“秀才”。不过国防部既然已经掌握了经费与人事大权，那么军队就基本上由国防部控制，将领的地位降低了不少。
也正因为考虑到在战争期间，文职官员是不可能指挥
战的。而在和平时期，军队必须要做好随时打仗的i情况下，后来作为对国防部的补充，成立了总参谋部。与国防部完全相反，总参谋部是一个完全由军人组成的部门，而且不属于内阁政府部门，而是属于军事部门。在多方面的摸索与总结之后，帝国国防部与总参谋部的权限有着明显的区分，而且还有平战之分。
平时，国防部是军队的主要管理者，负责军队的经费，人事，以及军队调动等重大事物，也就是说，在和平时期，军队基本上是由国防部控制的。总参谋部只负责针对各种有可能出现的战争预先制订作战计划，并且负责军队的训练，所需要研制与采购的装备（后来这个权利也移交国防部），演习活动，以及与盟友之间的军事交流。
战时，国防部转变为军队的总后勤部门，主要就是负责经费管理，装备采购与维护，人事调动。总参谋部的权限得到击打的扩展，拥有策划作战行动，调动军队，指挥军队作战等等作战行动权。当然，是否进行这一转变，是由相决定的，而不是由军人决定的，而且相可以随时收回总参谋部的权力！
当时薛希岳搞的只是国防部，而真正成立总参谋部，还是下一任帝国相的事情了。可也正是因为要成立国防部，海军的体制就必须要进行改革，很多部门将并入国防部，而且很多机构也将取消，人员将大幅度裁减，有些将到国防部工作。而有些则将去别的机构继续任职。不说别的，当时海军司令部上万名官兵的人事调整，这都足够让任何人头痛的了。
需要进行体制改革地不仅仅是海军，6军也面临着同样的问题。另外，6军在失去了航空兵之后，几乎完全成为了一支“地面”部队。相反。海军肯定会保留航空作战能力。而帝国6
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