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在各个战区中，将设置一名战区司令官，而战区司令官将负责该战区内所有海军舰队，海军陆战队，以及海军基地的活动与作战行动，具有决定战区内作战行动的大权，并且只需要向海军司令部汇报作战计划，而不需要由海军司令部来下达作战计划。这实际上就是把原本属于海军司令部的部分大权直接下放到了战区司令官的手里，战区司令官可以根据所在战区的实际情况来调动战区内的舰队，基地部队等等作战力量，遂行作战行动，并且完成作战计划。
在各个战区中，都编制了一支主力舰队，以及数支巡防舰队。而舰队名称则与战区名称相同。比如西太平洋战区所属的舰队就为西太平洋舰队。各舰队设置舰队司令官一名（在战争初期，舰队司令官与战区司令官基本上是由同一人担任），具体负责舰队作战行动，具有实际的舰队指挥大权。而舰队司令官将直接向海军参谋部直接负责。
另外，各战区下设各基地司令部，基地司令部设基地司令一名，这些基地司令直接向战区司令负责，而不需要向海军司令部负责。战区司令可以在战区权限范围之内安排基地司令官，也就是说，战区司令官具备了部分人事大权。
同时，聂人凤还对海军司令部的结构做了调整。海军参谋部得以保留，不过其主要任务是协调各战区的作战行动，以及配合行动，另外负责协调各舰队的行动。因为各战区的舰队并不固定，比如某舰队在西太平洋战区执行作战任务，即为西太平洋舰队，如果后来前往印度洋执行任务，则为印度洋舰队（这是在战争中期单独设置战区司令的一个重要原因）。因此，海军参谋部的主要职责，就是协调各舰队的行动。
海军司令部还另外设置战略处。战略处的主要工作就是制订海军的战略计划，以让各战区司令部，舰队配合完成战略计划。设置情
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