是没有办法的事情，因为现在在军事上，兵部尚书王永光就是个摆设，得听李峰的。户部被熊廷弼把持，钱袋子是人家说了算。工部有蒯桐，现在各地的建设修桥建路，各地工厂的建设都是蒯桐说了算。因此，国家的权力已经牢牢地掌握在了李峰的手中。
陕北平叛之后，李峰向皇帝建议，将军队的制度再次做改变。
皇家陆军将在现在的基础上，再次扩军，然后基本保持内地一个省份一个主力师的兵力，边境地区两个主力师的兵力。这些主力师保持常备训练，以机动作战为主，是大明陆地作战的主要力量，也称甲种部队。与此同时，在各省份设立守备军区，统领和训练各地的乙种部队。乙种部队为数不多，主要由各地的卫所部队转化而来，主要是负责各地城池的守备。两三年后今后将会逐渐将甲种部队的退役军官和士兵替轮换到乙种部队里担任骨干。同时为了增强大明的军事动员能力，设立预备兵役制度。大明满了十八岁的健康男子中，选一些家世清白的，在每年进行十天的军事训练。预备役的男子可以享受补贴和一些政策上的优惠。这些训练主要是由各个省份的守备军区组织。
另外，为了防止军队出现地方化、军阀化的趋势，今后各地的征兵由兵部统一领导进行，然后将这些被征集来的兵员，分配到各个师。同时，军官的任免制度也做了修改。部队的管理和训练基本上由营长组织，当营长要升迁到团职的时候，就要跨师任免。每年，各个师要将空缺的团以上职位上报道兵部，再将各个部队符合升迁条件的人员上报道兵部，最后由兵部组织这些符合条件的人员进行考核，择优选用，统一调配。
另外在兵部下面，设立陆军参谋部、海军参谋部，分别管理陆军和海军。陆军总参谋长由马铁担任，海军参谋部由郑芝龙担任。
大明的各个军机关和总参谋部，里面空出了许多的空闲位置，原先的许多武将都被塞了进去。包括朱纯臣、张维贤这些原来掌握兵权的权贵。这些机关看上去级别高，待遇高，但是真正的兵权却是在师团一级。在李峰的设想里，这些机关的作用，就是每日扯淡，等到这些老家伙们扯老了，少壮派起来的时候，就实现了自然的过渡。
最后，为了配合新的形势，制定了《大明兵役法》将上面的制度形成完备的法律条文。与此同时，李峰建议皇帝对军队实行军衔制。
对于李峰说的军衔制，朱由校十分感兴趣，尤其是当听说自己这个三军总司令也可以授衔的时候，顿时便十分激动起来，命令李峰赶紧拿出方案来。
军事改革上这么大的动静，可以说震动了朝野。但是无奈此时皇帝已经被神话，每人敢反对，李峰又把持了权力，反对的声音也起不了作用。加上这次改革对军队进行了许多的限制，因此反对声寥寥，很就实行了。
军衔从低到高，依次是列兵、上等兵、下士、中士、上士、少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、少将、中将、上将、元帅。当然了这上面还有一
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