随即大规模的搜索和捉拿行动在全城进行。5203187
东厂所有的人，全部被先集中看管，然后进行甑别。宫中的太监也都被梳理了一遍，王体乾、李永贞、石元雅、徐文辅、梁栋、陈德润、刘朝、田诏、刘荣、陆尽臣等几十个魏忠贤的心腹太监人头落地。刘若愚、孙进、李朝卿、刘应坤、孟忠等一百多个和魏忠贤有瓜葛但是作孽不多的太监被发配到昌平和凤阳的祖陵守墓。
至于内操的那些阉军士兵，俘虏了一千六百多人，除了为首的几个杀了之外，其余的也都关押起来。
亲军卫都指挥使田尔耕、锦衣卫指挥使许显纯平时和魏忠贤走得近，在魏忠贤叛乱的时候，按兵不动，因此被解除职务，下了大狱，等候审讯。亲军卫都指挥使由朱纯臣暂时兼任，丁顺接过了锦衣卫指挥使的职务。
随即丁顺便立即指挥人马，全城大索，搜查魏阉余孽。
很，锦衣卫和皇家陆军的士兵们就将宁国公府团团围住，丁顺命人将所有人等全部抓获，连一只老鼠都不许放走。很，魏忠贤的侄子魏良卿、女婿杨六奇等人悉数被抓获归案。就连被关在宁国公府的王冉也被从地牢里揪了出来。
对这些阉党叛逆的处理也十分迅速，魏忠贤被罗列了三十六条大罪，首罪就是谋逆，魏良卿等参与，满门抄斩。魏忠贤自己只有一个女儿，也受到了波及。女婿杨六奇、侄儿魏良卿等凌迟。其余魏家同族也被株连，流放澳洲、台湾、菲律宾等地。魏忠贤的近亲男丁，只有魏良卿的一个两岁的小儿子得以幸免，不过也是被流放到了菲律宾。
至于在魏忠贤谋逆中，虽然没有参与，但是按兵不动的田尔耕、许显纯，经查实与邵辅忠、阮大铖等人一样，近期与魏忠贤狼狈为奸，出谋划策，斩首，家人流放澳洲、吕宋。
抓获的闻香教徒骨干及教徒一千多人，包括教主和几大护法在内。王冉和一百多骨干分子被砍头，其余教徒被打散发配澳洲、台湾、吕宋和辽东铁岭一带。
至于那些平时与魏忠贤曾经走得比较近但是在这次事件中，表现尚可，没有支持魏忠贤登基，节操还算是完好的魏广微等一干大臣，朱由校没有处理，而是嘉许了一番。毕竟这些人的政治底线还是守住了。
对于在这次事变中被魏忠贤杀死了的文震孟，皇帝是嘉奖了一番，追赐伯爵，赠太子太傅，谥“文正”。这种追封对于文震孟来说，可以说是莫大的荣耀了。原先的历史上，文震孟死后的谥号才是“文肃”，比起“文正”来说，差了八九级呢！
这一次魏忠贤造反，好在对皇帝的后宫没有造成什么伤害，这也是朱由校给魏家留下一丝血脉的原因。不过因为这个原因，朱由校下令将魏良卿的女儿容妃打入冷宫，皇子交给一个姓段的贵人抚养。
等到一切尘埃落定，九月十八，朱由校召集文武百官，开始对这次的有功之臣进行论功行赏。
李峰对于粉碎魏忠贤的叛逆，居功至伟，加太子太傅，
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