政变，驻朝日军趁机挟制王室，袁世凯指挥清军击退日军，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。袁世凯平定了朝鲜甲申政变有重大意义，打退了日本的渗透势力，粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图，推迟了中日战争爆发的时间。袁世凯也因这一事件受到李鸿章等人的重视，年仅26岁的他就被封为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，位同三品道员，左右朝鲜政局，俨然朝鲜的太上皇。
袁世凯在朝鲜期间，让朝鲜高宗按照藩国礼仪迎接上国钦差，明确清朝和朝鲜的宗藩关系。他还防止朝鲜向外国借款、阻挠朝鲜向西方国家派驻公使。
袁世凯干涉朝鲜内政的做法引起了朝鲜国王和一些大臣的不满，清廷中也不断有人弹劾他。1888年1月朝鲜国王李熙致函请求清廷撤袁世凯，随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命，请求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾攻击袁世凯“侈然自大，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益”。李鸿章力排众议，不仅让袁世凯继续留朝任职，并于1890年2月给袁世凯写了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的评语。
袁世凯在朝鲜十二年，有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。日本人视起为日本扩张朝鲜的最大障碍，曾经多次派人暗杀袁世凯，但都没有成功。
袁世凯是大清国少数保持头脑清醒的官员之一，他不仅对朝鲜局势有着明确而清醒的判断，对于清军和日军的差距，也非常清楚，战争爆发前夕，和李鸿章一样，他对于战争的结局表示悲观，但和李鸿章不一样的是，李鸿章竭力希望通过外交途径避免战争，而袁世凯认为，战争不可避免，战败也不可避免！
袁世凯的观点是，大清国需要一场失败！
通过战争，哪怕是通过惨烈的战败，彻底清算大清国腐败的军事体系，革除现有的八旗绿营湘淮军，建立新军，走上一条强国强军之路。
为此，从朝鲜回国后，袁世凯没有参与到朝鲜战争的事务中，因为，他相信，这场战争大清国输定了！他向朝廷上了一道奏折，提出一整套编练新军的建议。
当然，他的建议没有得到光绪的认可，光绪还沉浸在大清国击败日本雄踞亚洲的美梦中。
袁世凯的奏折如石沉大海，正当他百无聊赖的时候，园子里的太后老佛爷想起了他。